mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GCTCCCTCCATCCCAAAATAA ATTTTGGAACGGATGGAGTA TCGTCCGTAGTGCTCCCTCCATCCCAAAATAAGGTTGTACTAAGGTTGAGACATTTATTTTGGGACGGACTTATTTTGGAACGGATGGAGTA AGCNNNCCATCAATCTCTAGCGCATATATCCATCCATCAAACTTCGAACACGAGCATTCTACTATTTGACAGCACTAGCAGAGGCTGGTTCAGCAACAACAATGGCGTTCGTGCCGATCTGCGTGCAGTGCGGGACGAGGAGCAACCCGTGCCGGTGTAAGGTGGTCGGCCCGACGCTGGGATTCGTGGCGCTCGTCGTGGCCGGGGTGGTGGAGTGGCCGCTGGGCGCCGCCGTGTACCTTTTCCGCCACCGCAAGGGCCGCCGCATCATGGGTCACCCGACCAGGGTCGTGTACCCGCGCGTCACCGGCGCAATCCCCATCTAATCCACCGCAGCATCTTCCGTGCTGATCTGTCACGTGGTACCGCCGTTGGCTTGTCAGGCTATGTCATGTAATCTGGGAGGTTCGTCTCTCAGACTCTCAGCCTGTGTTTAATAAAGCGAGTCTTCTGTGTCGTAGTAGTATTTGCAAGGCTTCGCCGTGGCTGTACCTAATATTTGTTCGTCCGTAGTGCTCCCTCCATCCCAAAATAAGGTTGTACTAAGGTTGAGACATTTATTTTGGGACGGACTTATTTTGGAACGGATGGAGTAGCTGTTTTGGTCTCACCGAGTGCTGTGTAATAGCATCGACTAATTTGGCTCCTCTTTTCGATAAAAAAAAAAAAAAAAAATCGGT 4 0 5' arm Pseudoroegneria_spicata mirnest MIR1122 0.0000000003 far-MIR437 0.00002 -28.6 ...........(((((.(((...((((((((((.((((.(((((((.((....)).))))))).)))).))))))))))...))).))))). (-28.6)