mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CATCAATGAAAGGTATGATTCC AATCACACTTTCATTGATAAT AAATCTTCTTCTGTATTTTCTTCTTCATGACTTCCTTCTTCTTTGTCTCACAACTGTCTCCATCCTGTCTTCACGAGCTTCCTCTAGAAGATGTGCGCAGAGTCTTTCTAAGTCACACTCATAAAGAGTTCAAAGAAAAGGAATCACACTTTCATTGATAATGAAATCAATAGAGAATGCTACTGAGCTCCTACAGGCGATTAGAAAATCTAATATGGCGATAGTCTTGCTCTCTATGAAGTGTCTATGAGAACAAGATTATCGCGATCTTAGATCCTCTAATTGCTTGTAAGAGCTGATCACCAATGGATCATTCGCTATTGATCTCTTCATCAATGAAAGGTATGATTCCCTTTCTTTGAAATTCCTTTTGAATGTGACTGAGAAAGCTTCTATGTACATCTTCTCCGCGGAAGCTCATGAAAACAAGGTAGAACCAATTGTGGACAAAGAAGGAAGACATGAAAAAGATAGAGAAGAAGATCAACTT TGAATGGCTGATCCCACGCTCTATACGACTACTATAGGGAAAGCTGCTACGCCTGCAGGTACCGGTCCGGAATTCCCGGGTCGACCCACGCGTCCGAGAGCTTATTCACTCTTTTGGATACAACTTGTTTGGTGGTTTATGGAAAATTTAGATTCCATAAGAACAACAAAAATTAAAATCTTCTTCTGTATTTTCTTCTTCATGACTTCCTTCTTCTTTGTCTCACAACTGTCTCCATCCTGTCTTCACGAGCTTCCTCTAGAAGATGTGCGCAGAGTCTTTCTAAGTCACACTCATAAAGAGTTCAAAGAAAAGGAATCACACTTTCATTGATAATGAAATCAATAGAGAATGCTACTGAGCTCCTACAGGCGATTAGAAAATCTAATATGGCGATAGTCTTGCTCTCTATGAAGTGTCTATGAGAACAAGATTATCGCGATCTTAGATCCTCTAATTGCTTGTAAGAGCTGATCACCAATGGATCATTCGCTATTGATCTCTTCATCAATGAAAGGTATGATTCCCTTTCTTTGAAATTCCTTTTGAATGTGACTGAGAAAGCTTCTATGTACATCTTCTCCGCGGAAGCTCATGAAAACAAGGTAGAACCAATTGTGGACAAAGAAGGAAGACATGAAAAAGATAGAGAAGAAGATCAACTTTTTTATCCATCTGATGTAAGGAAACAAAGGGAGTGGGGAGGGAATTTTGGGAAGGCCTTACAAAGTCAATAACTACACATGACCCCACCTAAACAAACAAGTGAAGTTTTCTTAGTTGTATAAGACCACGAAACGGAACTTCGGCGTTCTCACCGCCTAATCTTTCCACAGGTTTCCACCTAAAGCCTTATTCCCATGGAGGATTGAAATCTTTTTGGCCACCTTCCAAAACAAACTTTGAAAGAACTTATCCTTGAAGAATT 3 1 3' arm Brassica_napus mirnest 100 bra-MIR1885 1e-68 -207.1 ..((((((((((.((...((((.((((((.((((((((((...((((.(((((.((..((.(((.(((.((((.((((((((...((((((((((((.((((.((((((.(((((((.(((.((.(((((((((((((.(((((((..(((((((((((...((.((((((((.((((((((.(((((((.((((((((((((((..((((((.((.((((((((((((.((((...((....))...)))).)))))))))))).)).))))))..)))))))))))))).)))))......)).)))..))))).)))))))).))...)))))))))))...))))))).)))))))).))))).)).))).))))))).)))))).)))).))))))))))))....)))))))).)))).))).))).))..)).))))))))))))))))))).)))))).)))))).))))))))))...... (-207.1)