mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGATACATCCGTATCTAGCC CTAGATACGGATGTACCTAAC AACCGTCATATATTCTATTACCTCCGTCCCAAATTACTTGTCTTAGATTTCTCTAGATACGGATGTACCTAACAATAAAACGTGTCTAGATACATCCGTATCTAGCCAAATCTAAGACAGCTAATTCGGGACTGAGGGAGTATGTCTGATCTGGCT TTCTAAGTTTATGTGAAACAATGCAAAATGCACGCTGATATTCTGCGGTTTCTCAAAGAAAAAAGATTTATGTGGAGTGAAAATTCAGAGAAAGTTGACATAACCATGCAGTGATAAATAGAATGGTGTCACAAGACAAAACCCAATAGTTGTTGAGATGGCCAAGTCAATGTTCAGTGAGAGGACCTCAATGAGAACGGTACGCCCGATACCTCTTGGATACAAAATGTCAAGTCAATAGAACAACTTCTACTTTTTGACACACTAATTTTTTCTTTAGAAAAAATGGATCAACAGCGGTTTCTGAAGGATCTAACATGACTTCAGACCAAATTGGATCCGTTCTAAACTGACCATTTAACTGCATGTTATATGTCTATCCTGGCTCTTAACATGGCTTAAGTTTGATCTGAATTCTGAAGTCAGGCAACAGCAGTTCGAACCGTCATATATTCTATTACCTCCGTCCCAAATTACTTGTCTTAGATTTCTCTAGATACGGATGTACCTAACAATAAAACGTGTCTAGATACATCCGTATCTAGCCAAATCTAAGACAGCTAATTCGGGACTGAGGGAGTATGTCTGATCTGGCTGTTAACATGACTTCAGATTTTTGTCAGCTAAGTTTTTCTCNNNTCCGTCCATAAATAGCAGAACTTGAATGTACTGATACGTCTTCCAGGNNGTATTCTTGAGAAAAAAAATAACAAT 3 0 3' arm Pseudoroegneria_spicata mirnest MIR1122 4e-23 tae-MIR1122 2e-18 -64.2 ..((((((.((((.((....((((.(((((.(((((.(((((((((((((..(((((((((((((((.((((((........))).))).)))))))))))))))..))))))))))))).))))).))))).)))).)).)))).)))..))).. (-64.2)