mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCTCTTCCTCTTCCTCTTCTC GAAGAGAAGAGAAGAAAAG ATTTCTTCCACCTCTCTTTCTTCTCTTCCTCTTCCTCTTCTCCGCTTCCGAACCTCTTCCTCCTCCGAGCGAGCTCTCCCAGAAGCAATCGAGCGAGCAGCTTTCTTCTTCTTCTTCCTCCTCCTCTTCTTGGTCTTGGCGAGCAGGGAGGGGTGCTCGCACCAACTCTGCCGGCGGGCCGGACCGGGCAGGGGATAGGATCTGAAGAAGCTTCAGAGGCAAGACGATCGATCCATCTTGGGGTTGGAATCCTGTCGTGGTGATCGATCGAGCTCCATGATGAATGTGCTCTCCAGCGGCAACCCCCAGAACCTGCGCATAATCCATCACCATCAACACGATATTTTATTATGTCCACGGCGGAGCAGCTCAGGCCAGCTCGCTGTCAACGCACATCCTCCTAGCCTCACCCGCGCGAGGAGGCCTTCTTCTAGCTCCTTCCGCCGAGGCGCAGTCGTCGCCGTGAAAGCCGTCGCCGACGGCGGCGGCGAATCCAGCAGCGGCAAAGACGACGACGACGACGACGATGAAGAGAAGAGAAGAAAAGATGACGAGGAGGGCATGT CCGTTGCTGTCGGCCACCAGACCACGCATCCATCCATCCTCGAGTCTGGTCTGGTGGTGTGGCGTCACGCAAGCCTACCAAAAAAACAAAGCTTGGGGATTTCTTCCACCTCTCTTTCTTCTCTTCCTCTTCCTCTTCTCCGCTTCCGAACCTCTTCCTCCTCCGAGCGAGCTCTCCCAGAAGCAATCGAGCGAGCAGCTTTCTTCTTCTTCTTCCTCCTCCTCTTCTTGGTCTTGGCGAGCAGGGAGGGGTGCTCGCACCAACTCTGCCGGCGGGCCGGACCGGGCAGGGGATAGGATCTGAAGAAGCTTCAGAGGCAAGACGATCGATCCATCTTGGGGTTGGAATCCTGTCGTGGTGATCGATCGAGCTCCATGATGAATGTGCTCTCCAGCGGCAACCCCCAGAACCTGCGCATAATCCATCACCATCAACACGATATTTTATTATGTCCACGGCGGAGCAGCTCAGGCCAGCTCGCTGTCAACGCACATCCTCCTAGCCTCACCCGCGCGAGGAGGCCTTCTTCTAGCTCCTTCCGCCGAGGCGCAGTCGTCGCCGTGAAAGCCGTCGCCGACGGCGGCGGCGAATCCAGCAGCGGCAAAGACGACGACGACGACGACGATGAAGAGAAGAGAAGAAAAGATGACGAGGAGGGCATGTCGTCGCCGTCGGCGTCGT 3 2 5' arm Pseudoroegneria_spicata mirnest 100 100 -182.4 ......(((.((((((..((((.(((((.(((((.(((((..((.((((.((((((.........(((.((.((.(((...(((((....((((.....))))..((((((....((((..((((((.((((((((.(((..((..((((.((((....))))..))))....))..))))))))))).)))))).))))...))))))))))).)))))....)).))).........))))))))))...((((((((((((.(((.((((..(((.....))).))))....(((.((............)))))...))).))))))....(((.((((...)))).)))((.((((((((.((((.(((((.((...........))...(((((...((.......))..))))))))))......))))..)))))))).))((..(((((((((((....(((((((((...)))))))))..........)))))...))))))..)))))))).))..))))))))))))))).)))).)).)))).)))..... (-182.4)