mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTACTCCCTCCGTTCCTAAAT TTAGGAACAGAGGGAGTAGTT GGAGAGAATTATTACTCCCTCCGTTCCTAAATATAAGACCTTTTAGAGATTACACTGTAGATTACAAACGGAGCAAAATAAGTGAATCTACACTATAAAGTATGTCTATATACATCCGCCGTATGTAGTCCATAGTGAAATATCTAAAAGGTTTTATATTTAGGAACAGAGGGAGTAGTTAGGAAAGT GCTANCCCNNNNAAAGGTTACTTAAATTTTTTATGCACACAAACTGACNTGGAAGATTATGATTGGTAAAAGGGGATGGAGGATCGCTGCATGCATCGCTTTGATGCAAAGGCCGGCGGTAATCCTCTTTTTCGAAAAAAAATGGGGATGAAGGGGACCACCCCAGTTGATTAAGAGGGGAGAGAATTATTACTCCCTCCGTTCCTAAATATAAGACCTTTTAGAGATTACACTGTAGATTACAAACGGAGCAAAATAAGTGAATCTACACTATAAAGTATGTCTATATACATCCGCCGTATGTAGTCCATAGTGAAATATCTAAAAGGTTTTATATTTAGGAACAGAGGGAGTAGTTAGGAAAGTTAAATAAACGTTTGCCGAGTCTTTATAGGTCTAGCAAAAATTATTATTTGTACGTACTACGCAGTGGAATGGTGAGAGGAGATCCAAAGAAGAATGAGGAGCTGGAGCTGCCGAGAAAGGACGAGCTGAACATCTTGACGGCGATCTGGAAATGGGTCACCCAGCTTGTTTTCCCCAACGAACTCATTAAAGACAGGTGTGGCGAGAGGCGATCCGAAGNNNCCTGAGGAGCTGGAGCTGCTGATAAAGGACTACCCGTACGCGGTGGACGGGCTGGAGATCT 1 0 5' arm Pseudoroegneria_spicata mirnest MIR1122 2e-31 tae-MIR1122 4e-17 -71.5 ..........(((((((((((.(((((((((((((((((((((((((.(((.((((((.(((((((.((((.......((.(((.((.(((........))).)).))).))......)))).))))))).)))))).))).))))))))))))))))))))))))).)))))))))))......... (-71.5)