mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGTGCTTGGACGAATTTGCC AGAGTGTTTGGGTTTCATG TTTTGTTTGAGGAGAGTGTTTGGGTTTCATGATGATGGTGAGCCTGTTGTGAGGGCTTATGTCTGTGAGAACGGGCATGTCTCTGGTGCTTGGACGAATTTGCCTCTCTACAC GGGCGTGTTCAAGGACTTCAAGAGGTCTAGAGTGTGGAGGACGATCAACGAAGACGGCGGCGGGAGGAGTAAGGTCACGGGGCTGAAGTGCGCGTTTTGCGAGTGCGACGAGACGTGGGATATGCACTCGTCGTTTTGTTTGAGGAGAGTGTTTGGGTTTCATGATGATGGTGAGCCTGTTGTGAGGGCTTATGTCTGTGAGAACGGGCATGTCTCTGGTGCTTGGACGAATTTGCCTCTCTACACTTGAAAAAGGTAAAAGGTCTTGTCTGAATGTCTTTTTATTGTTTGATGCTTTGTAGGAAACTGTGATCGTTTGTGTTGTTTGATCCTAATGTATGTATAAGAAACGAGATTCAGTTTCATCTTTGATTACGGTTGTGTTTTATCTACAATTTGCTTTGTAGGAACCGTTAGCGTTTGCGTTGTTGATTATGATTCATGTATAAGCTCTTACGTTGACAAAATTAATGTGGTGGTTTTTTATATGAAATGGGATTCACTTTCATTTT 2 2 3' arm Brassica_napus mirnest 100 vvi-MIR3623 0.0003 -37.3 ...(((..(((((((.(((((((((.(((.((.(((.((((((((.......))))))))((((((....))))))..)))))))).)))))))))..))).))))...))). (-37.3)