mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACTCCCTCCGTCCCATAATAG ATTATGGGACGGAAGGAGTAG TCTGAGTTCAGAGCTACTCCCTCCGTCCCATAATAGTGTCAAAAAAGCTCTTATATTATGGGACGGAAGGAGTAGTTCTATTGAGCA GCATTTTTTTTTTTTTTTTTTAAACATTTAAACCTGAGAAATCACCCACCGGCTCAGGCTAAAAATAAAATCAAATGTATATGTTGGATGTTTCATACGAACATGCGTAACAGTATGCATCACAACTCACACAGCTTTGCTTCAATGCATATCTCCATCTCAGCAATGGATACAAGATTACAACAGAAACAATGAACAAATTCAGCACAGCTTGCCTGCTTGCTCTGAGTTCAGAGCTACTCCCTCCGTCCCATAATAGTGTCAAAAAAGCTCTTATATTATGGGACGGAAGGAGTAGTTCTATTGAGCAGCCTTTTGACCCCCTTCGACGCTCTTAGCACCTTCTGCTCTTTTGACACCTTGTTCTATGGCCTGAGCCTTTTCTTCAGCAGATCTAATATAGGTGGCCTTGGGTCCTTTCGCTTTCAGATAAGTGTATACAGGCTGCTGCAAATCGAAGTCGGTATTCTACGGTTGGACAGCTTCTAGGAGCTTCTCATAAACTTGCCGCGCAGACAAATCCTCAACAATGAGAAGCTTTGATTTATTATTCCATCCCCTTTGAAGGGTCATCTGACTCAATCTTAAGCCAAGCACCTTGCCCATAAATTCTAGCAACTCGTTGTTAGCCTCCCCCCGAGCAGCAGGGGCAGCTACTGCTACTCGAACATCGTCAGCGTTCACTCTTGTTATTGCTGAACGTTGTGCTCGGTCTTCTACTTCAA 2 0 5' arm Pseudoroegneria_spicata mirnest MIR1122 0.000000000000001 tae-MIR1120 0.00000007 -41 .....(((((((((((((((.((((((((((((((..((.......)).....)))))))))))))).))))))))))...))))). (-41)