mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATTATGGGACGGAAGGAGTA CTCCCTCCGTCCCATAATAGT CTGAGTTCAGAGCTACTCCCTCCGTCCCATAATAGTGTCAAAAAAGCTCTTATATTATGGGACGGAAGGAGTAGTTCTATTGAGC GCATTTTTTTTTTTTTTTTTTAAACATTTAAACCTGAGAAATCACCCACCGGCTCAGGCTAAAAATAAAATCAAATGTATATGTTGGATGTTTCATACGAACATGCGTAACAGTATGCATCACAACTCACACAGCTTTGCTTCAATGCATATCTCCATCTCAGCAATGGATACAAGATTACAACAGAAACAATGAACAAATTCAGCACAGCTTGCCTGCTTGCTCTGAGTTCAGAGCTACTCCCTCCGTCCCATAATAGTGTCAAAAAAGCTCTTATATTATGGGACGGAAGGAGTAGTTCTATTGAGCAGCCTTTTGACCCCCTTCGACGCTCTTAGCACCTTCTGCTCTTTTGACACCTTGTTCTATGGCCTGAGCCTTTTCTTCAGCAGATCTAATATAGGTGGCCTTGGGTCCTTTCGCTTTCAGATAAGTGTATACAGGCTGCTGCAAATCGAAGTCGGTATTCTACGGTTGGACAGCTTCTAGGAGCTTCTCATAAACTTGCCGCGCAGACAAATCCTCAACAATGAGAAGCTTTGATTTATTATTCCATCCCCTTTGAAGGGTCATCTGACTCAATCTTAAGCCAAGCACCTTGCCCATAAATTCTAGCAACTCGTTGTTAGCCTCCCCCCGAGCAGCAGGGGCAGCTACTGCTACTCGAACATCGTCAGCGTTCACTCTTGTTATTGCTGAACGTTGTGCTCGGTCTTCTACTTCAA 1 0 3' arm Pseudoroegneria_spicata mirnest MIR1122 0.000000000000001 tae-MIR1120 0.00000006 -39.3 ....(((((((((((((((.((((((((((((((..((.......)).....)))))))))))))).))))))))))...))))) (-39.3)