mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATTTCTTTACAGAGGGAGTA CTCCTTACGTAAAGAAACATA GACACACTGATACTCCTTACGTAAAGAAACATAAGATTGTTTAGATCTAAACAATCTTGTATTTCTTTACAGAGGGAGTAGTAATTTTT AAATTNNTTATGTATATATTGATGCCTCTTTGTAGCATGTATTGTNNNCTCGCTGTATTCTCACTTCCATTGTATCTTGTTGGTACTGGTAGTTCATCTACATGAAATGCCTTTTTTTCTAGGTTTTAACATGTTTTATATATCAACCCCTTGATAATATTAAAGTAATTTAAATTAGCCGTTGACAATATTTTAGCTTTATCTGCTCTTGTGTATTTACCGCTGTACATACCCTATTCCATGCTAGGGCCTTGACACACTGATACTCCTTACGTAAAGAAACATAAGATTGTTTAGATCTAAACAATCTTGTATTTCTTTACAGAGGGAGTAGTAATTTTTTAACACTTAACTCTGTAGATAATTAAAATTCTTGGCATTTTTGTACTTGATGAAAAACTGAATGGTTAGATGTGGGAAACTGCATTTTGTGAGAAAAAGAGTTACAGACTTGTAGATAGGAAACATATATGTTTTGAGTACTTATTTTGCACATCTGAAATGGCAATGCTTACCATACAGTAAACAAAGGTCTAAATAAAACATTAACCTGATGACCACCAAAGTTGGTGAACTTACACTTGCAAGTTTTGTGGTAATTTTCCGTACCTTGTCACACATGATAATATAGGGTTTAATTCTTTGGGTTTTCTCAAATGATCAGGCACAGTGACGTACATTTTCAAGTTACGTGGACTATTGTTAGAATAGCTCTGCATTAGATTTACACTTCATTATCTCGTGTTCATGCTTTTGTCAATGTATGTCTTACTAATGCTA 3 0 3' arm Pseudoroegneria_spicata mirnest MIR1122 0.00000002 tae-MIR1121 0.0000003 -33.8 ..........((((((((..(((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).)))))))))..))))))))......... (-33.8)