mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGGAGGAATAGGTAAAACAAC TGTTTACAGTATGATTTCCAA ATTCGGGGAATGGGAGGAATAGGTAAAACAACTCTAGCAAGAGTTGTTTACAGTATGATTTCCAATCAATTTG AATCCAGCTAATATTCAGATTTTTAATATAGAGTATATATTTGCATATGTCTCAAATTAAAACTAGGTTTCTTAAGGAGTGAAACAAAACTAAATGATACATTCATATATTACATTATAGGTTGTATATACGTTTATAATTTGTTGGGATTTCAGTTTTAATCAACTAAACTAAATGCTATATATTTGCAACATTTTCTAATTTGGTTCCTCTCATGGGAGGTTCAAACTCACTGCTAATTATTCTCCATTCATTGCAGGCCTGAGGCAAAAGTTATTGAAGACATTGTGAAAGTGATAATAAATAAACCGAATCATACATTCTTTGTAGCTACCAAGGGACTAGTAGGAATAAGTTCCAGAGTTGAGAAATTGATGTCACATTTAGCAATAGAGTCAAATGGTGTTCGCATTATAGGAATTCGGGGAATGGGAGGAATAGGTAAAACAACTCTAGCAAGAGTTGTTTACAGTATGATTTCCAATCAATTTGAAGCATGTAGTTTTATTTCTAATGTCAGGGAAGTTTACAAAAAATATGGCATACTTCAATTACAACAAACACTTTTGGAAGATCTTTTGATTCTTAGAGATGTGAAGGTAAAAGATGTTGAAAATGGAGTTTTCATGATTAAGGATAGGTTACGTCACAAAAAGATTCTTCTTGTTCTTGA 3 2 5' arm Quercus_petraea mirnest 100 gso-MIR1510a 0.00001 -21 .......((.((((((..(((.(((((.(((((((....))))))))))))..)))..)))))).))...... (-21)