mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCCGGTGGGATTCCTTCCTTG AGGGGTCGACTCCTTCTGGATG GAGGACAAGATGAGGGGTCGACTCCTTCTGGATGTTATAGTCGGCAAGGGTGCGCCCGTCCTCGAGCTGCTTCCCGGCGAAAATCAACCTCTGCTGGTCCGGTGGGATTCCTTCCTTGTCTTGGATC GCTTAAAGGCCACATCAGGGCCATAGACATAATAATATAAATATAAAAGAGTTTTTGATGTTTCCACCATTAAAGCAGAAACAATTAAACAGAACCATAAATCATAAAACAACAATTTTCAATCACAAAGCAGGGCTTTTTCACTACTCAGAAAGCACCACCACGGAGACGGAGGACAAGGTGAAGGGTGGACTCCTTCTGGATGTTGTAGTCAGCAAGAGTGCGGCCGTCCTCCAGCTGCTTTCCTGCAAAGATCAACCGCTGCTGGTCTGGTGGGATCCCCTCCTTATCCTGGATCTTCGCCTTCACGTTGTCGATGGTATCCGAACTCTCCACCTCCAAAGTGATGGTCTTTCCGGTGAGGGTCTTAACGAAGATCTGCATACCACCACGGAGACGGAGGACAAGATGAGGGGTCGACTCCTTCTGGATGTTATAGTCGGCAAGGGTGCGCCCGTCCTCGAGCTGCTTCCCGGCGAAAATCAACCTCTGCTGGTCCGGTGGGATTCCTTCCTTGTCTTGGATCTTGGCCTTGACGTTGTCGATGGTGTCTGAGCTCTCGACCTCGAGAGTGATGGTCTTGCCGGTCAGGGTTTTCACGAAGATTTGCATCTTGAGAGAGTTTTGATTTTTTTGCTTCACAAGAATGAAAATGTATTGAATCTGAACCCCC 3 1 3' arm Quercus_petraea mirnest 100 100 -41.9 .....((((((((((((..((.((((.(((((........((((((.((((.((((...................)))).......)))).))))))))))).)))).)).)))))))))))).... (-41.9)