mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GCATAGCATCATGAGCAATCA ACTGCTTATGATGTTATTATCAT ATTAGATAGCACTGGAACAGTTAATACTTGGAAATGAGAATGCATAGCATCATGAGCAATCAGCCTTAGATTTCAGCAGATTGACTGCTTATGATGTTATTATCATTCCATGTAAACTCCAGCCAAATTAATTCTAGCTGCTTG CACAAAACTCAGAAAAACTATTCCAACAAAGGATGAGTTATGAAAGAAAGAAAAAAGAAGAAGAAATTGAAAGAAAGAATCTAATTAGCAAAAAATAAAACTGAGTGAGAGATACAAGCTTTGTATCATATATATGGCCCATTCTTCCTACAATATTCTAATTGAGAACTTCCCATACATGAAGCCTTGTATCATATATAGCTCAAAGGAAAAATTAATAAGATACAAGCTTGATTATCTAAAATTAGATAGCACTGGAACAGTTAATACTTGGAAATGAGAATGCATAGCATCATGAGCAATCAGCCTTAGATTTCAGCAGATTGACTGCTTATGATGTTATTATCATTCCATGTAAACTCCAGCCAAATTAATTCTAGCTGCTTGTCAAAACCCGCCGCCGTAGGCCGGAGCCCAAAAATCAGCTCCATTGTCATTTCCTACAAGCTGAGTGCAAGACACTGGAACCAAGCACAACCCTCTACTCTTTAAGTCCCTTGGCTTATCCTGTGTATCCTGATCATATCATCCAAAATAAGAATCTTGGAAACCCTGATACCTTCTATACAACCATCCAATTCTATTTTTCTAATATGTTTCATTTCAAAAAGTATTCTATTTTGCAAATAAAAAAATTTGAGACAATTAACTAGATTATCTTTGTAACTATTGTATGTGAAACTTCTGTGGAACTAAGATGATGTATACTTTTTTGTATATTGTATAATACTTGCAATGATGGAGATGACACTAATGATTACTATGCTAAATAAATATTTAATAAGCAAGTAAGTCAATTGAAGGAGAAAAAACTAATTTCATGAACCAGCTTTTGTATAATATAAAGATAGAGTACCTGGTTAGGAGCTTCCTTTCTTTTAGGCAGGCCTTCATTCACAACCAGATGGGCCAAAAAAGGGGGAAGTATTAGTATTTTCAATCTTTTTCAACTCTTTTCTGTTTCCAAAATAATTAAACGTTCCAAAATTAAACTTTTCTTTAACCTTTTTTAAAAAAAAAAGTTTTATAAAGGTGAAAAACCTTTTTCCTTTAATGCTTTTTCCATAAATAAAAATTTTAAATTTAATAAAAGGCTTTCCATTTCAAAAGCCCCCCTCCTCTATTTGCCTTTTAAGAGAAGGAAGGGGACCCAATAAAGACAACACCTGCCCGGGGTCTCTTCAAAAAAAAAAAACCAATTTTTTTTTCCCCTTGAGAACCAAAAAAAAAATTTTTTCTTTTTTAGATAAATTTTTTAAAATTTTTTTTTAAACCCAAAAAAGAATTTTT 2 2 5' arm Quercus_petraea mirnest 100 100 -38.5 .......(((((((((...((((((..(((((.(((.(((((.(((((((((((((((.((((.((...........)).)))).)))))))))))))))...))))))))......)))))....))))))))))).)))).. (-38.5)