mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTAGATTCACGCACAAACTCT AGTTTGTGCGTGAATCCGACC AAGAGAGATGGGACCTATCTCAAGTTTGTGCGTGAATCCGACCCCATCACATTTGTTCATTTTTAATCATGCCATACCATCCGATGGTGTTAGATTCACGCACAAACTCTTGATTTGTCTCCTCTGCAA CTCTCTCTCTCTCCTTTTCGGCTCTTTTATGTATTAATAAGAGAGATGGGACCTATCTCAAGTTTGTGCGTGAATCCGACCCCATCACATTTGTTCATTTTTAATCATGCCATACCATCCGATGGTGTTAGATTCACGCACAAACTCTTGATTTGTCTCCTCTGCAACACCTCACTCCATTTTCTATTAAACATTAAAAAAAAAACAGAAACACTGATTTTGCTTTTGGCGCCAATTCCAATTTCTATTTCACTAATTTTCCTTTTTTTCCCCCCTCCTATTCAAATACAAGACAAGAACATTTCATTCTG 3 0 3' arm Quercus_petraea mirnest MIR403 0.000000008 tcc-MIR403b 0.0000000000001 -43.465 .....(((.(((((..(((...((((((((((((((((.(((.(((((..................................))))).))).))))))))))))))))...)))..))))).))).... (-43.465)