mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTAGATTCACGCACAAACTCT AGTTTGTGCGTGAATCCGACC AAGAGAGATGGGACCTATCTCAAGTTTGTGCGTGAATCCGACCCCATCACATTTGTTCATTTTTAATCATGCCATACCATCCGATGGTGTTAGATTCACGCACAAACTCTTGATTTGTCTCCTCTGCAA CTCTCTCTCTCTCCTTTTCGGCTCTTTTATGTATTAATAAGAGAGATGGGACCTATCTCAAGTTTGTGCGTGAATCCGACCCCATCACATTTGTTCATTTTTAATCATGCCATACCATCCGATGGTGTTAGATTCACGCACAAACTCTTGATTTGTCTCCTCTGCAACACCTCACTCCATTTTCTATTAAACATTAAAAAAAAAACAGAAACACTGATTTTGCTTTTGGCGCCAATTCCAATTTCTATTTCACTAATTTTCCTTTTTTTCCCCCCTCCTATTCAAATACAAGACAAGAACATTTCATTCTG 3 0 3' arm Quercus_petraea mirnest MIR403 8.0E-9 tcc-MIR403b 1.0E-13 -43.465 .....(((.(((((..(((...((((((((((((((((.(((.(((((..................................))))).))).))))))))))))))))...)))..))))).))).... (-43.465)