mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTTCTTCATCATCATCATCT AAATTGATGTTGAGGATGAG GCTTAACTCCTTTTTCTTCATCATCATCATCTTCATCACCACCTCCTTCTCCTTCAGCCCCTAAATGGTCATGCAAGGCCTGCACTTTCTTGAACCTTTACAAGAGCGGAAGCTGTGATGTCTGTGGCACGAGGGCCTCTGTGTCTTCCTTGTCCAGCTTTGAGGATTTGAAAGAAATTGATGTTGAGGATGAGGGTTTGGA AAAACCTCTCCTCTCTTTTCATTTCTAACAATGTCGTCTTCGTCTTCTTCTTCTTGGACCTGCAAAAAGTGCACTTTCATCAACCCCACTTCTCAAAATCAAAAACCCACTTGCGAAATCTGCTTAACTCCTTTTTCTTCATCATCATCATCTTCATCACCACCTCCTTCTCCTTCAGCCCCTAAATGGTCATGCAAGGCCTGCACTTTCTTGAACCTTTACAAGAGCGGAAGCTGTGATGTCTGTGGCACGAGGGCCTCTGTGTCTTCCTTGTCCAGCTTTGAGGATTTGAAAGAAATTGATGTTGAGGATGAGGGTTTGGATTCTGGGGTGGGGTCAGTTTTCTTGCCCCTGCAGCGTTGCAACAAGAGGAAGGCGGGGGACCCAGTTGTGGTTGATGAAGATTCTGCTGAATTTGGTGGGTTTAGAGGGATCAAGGCTTCCAATAAGGCCGAGGCTGTGCTGGAGGAAACTGGTCAAGGAACCGTACCTAGTTCATTGAAGATTTTGAGCTATAATGTTTGGTTTCGAGAAGATCTGGAAATGCATAAGAGGAT 5 1 5' arm Quercus_petraea mirnest mir-598 0.00001 100 -49 .((.(((.((((..((((((.(((((...((((..(((.....(((((..(((((((((.......)))..)).)))).((((....(((((........)))))))))((((((.((((.....((((((((...))).))))).....)))))))))).)))))..)))))))...))))).)))))).))))))).)). (-49)