mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGATCCCACACATGCATGGCT CCCATGTCTGTGTCTTGTCTTT TCAAAATCTATGGATCCCACACATGCATGGCTTGTTAAAATGAATTTCCATTTTCTGTTTCCATCACTCATATCTCACCAAATTGAGTTATGAGTTAGTGAAAATGAAAGCAAAATTTTGGTGTTTTTGAGTTATGGAAACAGAGTTACAATGGCATTTTTGTAAATATATTCACATTGTAAGGCCCATGTCTGTGTCTTGTCTTTTCCTTCAC CTGTTTTTGAACAAACTCGTGAACAATAGGGCTCAATACAAAACATGTCAAGTTTAGGCTCATTTATAACTTGATATATGTCTACTAAATAAACTCATTATTATGACATTACACGTATATTAATAATGACATAGTTCACATGAGACCACTTACCACTACCCATTAATTTCTTTCCTCTAATTTTTTTTAAAAACTCCCTCTAAACTGACCATGGAACACTTTTAGACTTAAGTTAAATAATTTTTTTATCCAAGTGGCCCATGTATGGCTTTTCCCCCACCCACAATCTTTGTACATTTGTGAAATATGTTACTATGTAAGTCTTTCCCATTCAGTTACAAATGTAATTCTTTCTAGACTTCTAGTCTTTGCCTAACTTCACAATCCAGTTCTATCAAAACTATAACTTCACAATCCATTTCTATCATAACTAAGGGGGTGTTTGGATTTTGTGTTTTCAATCACTCATCACTTTATTTTCATCACTTATCACTCAAAATCTATGGATCCCACACATGCATGGCTTGTTAAAATGAATTTCCATTTTCTGTTTCCATCACTCATATCTCACCAAATTGAGTTATGAGTTAGTGAAAATGAAAGCAAAATTTTGGTGTTTTTGAGTTATGGAAACAGAGTTACAATGGCATTTTTGTAAATATATTCACATTGTAAGGCCCATGTCTGTGTCTTGTCTTTTCCTTCACAAACCATCTCTTCTCT 4 1 5' arm Quercus_robur mirnest 100 100 -53.7 ...........((((...(((((.(((((((((..(((..(((((..(((((((((((((((((.(((((.....(((((((....(((.((..((.((....)).))..)).))))))))))....))))).))))))))))))....)))))...............)))))..)))..))).)))))).)))))...)))).......... (-53.7)