mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTAGATTCACGCACAAACTCG GGCTTGTGTGTGAATCTAATA GCGCAAGAAGAGTCATATTTCAGGCTTGTGTGTGAATCTAATATCCACATCCAATGACAAAAGCACCAAAACCCTTCTTTCTCATTGGGTGCTGTTAGATTCACGCACAAACTCGTAATCTGTCTTTTCATATT GCTCTCTGTGTGTTGTACATAGAGATACAATACAGAAGCACTTGCACTTTGCGCAAGAAGAGTCATATTTCAGGCTTGTGTGTGAATCTAATATCCACATCCAATGACAAAAGCACCAAAACCCTTCTTTCTCATTGGGTGCTGTTAGATTCACGCACAAACTCGTAATCTGTCTTTTCATATTTTTTTTCCCTGTACAAAGCTATAACTGTATTCAGTTACAACAAGGCCCAGTAAAAACCACCTGAAGATGCTCTGTTCCGGTTGAGGTTAACCTTCCCATTCCGTTTAAGGTTTGAATTCACATCAAGGCCATTAGAATGGTAGAAGAGCTCTGGAGGCTGAGCCGGATAATTGCTTGGAAACTGTATGTCAAAGAAGAACAGACATGGGAATAAGAGGTACCTTTAGGACCTACTATCACGGCTCTCATTAGATCCTGCCTTGACTTGTAAGCTCTAATGTAAATTGAATCAGGAAGATTTGCCTCCAATGTTTTCCATTCTTTGTTGATGAAAATGTTTTCATCTGGGTAGAACTGATCATGGAAGAACTGATGATCAGGAGGGGATTTGGAAATATTGCAAAGTTGTTGAACTTCG 3 0 3' arm Quercus_robur mirnest MIR403 2.0E-9 tcc-MIR403a 2.0E-15 -41.8 ......((((((.((.(((...((.((((((((((((((((((....((((((((((.(((................))).)))))))))).)))))))))))))))))).))...))).)).))))))..... (-41.8)