mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGGAGTGGGAGTGGGAGTGGG CACTCCCACTTTACCTCACCAA AAAATGAAAATGGGAGTGGGAGTGGGAGTGGGTCTACATCAACATCACAATGATAAAGAGCTCAAGGCCTCAGACGCTTTGCCACTCCCACTTTACCTCACCAATGCTGTCT TTCAGACTCAACTACTACTCTCATACTCTCATCACAAAACAAAACCAATCACTCCTCCCTCCCTTTGGATTCGCCGGCGGCGGTTTCCTTTTCTATTCTCCTCCATTTTGAGATGGACTCCCGCCGGCGATCGACCTCCAAAGCCACCACCGCCCCCCCACCACCACCACACATGAAAATGAAAATGGGAGTGGGAGTGGGAGTGGGTCTACATCAACATCACAATGATAAAGAGCTCAAGGCCTCAGACGCTTTGCCACTCCCACTTTACCTCACCAATGCTGTCTTCTTCACTCTGTTTTTCTCTGTGGTCTACTTCTTGCTCACTCGCTGGCGTGAGAAGATTCGTAACTCCACCCCTCTTCATGTCCTTAACTTGTCTGAGATAGTCGCCATCTTCGCCTTCATCGCTTCCTTCATCTACCTCCTTGGTTTCTTCGGAATCGATTTTGTCCAGTCGATTCTTCGACCTTCCACTGATCTCTGGCCTAACGAGGATGAAATCGACGATGCCCAGAACCCAGACGAAATCGTTCTTAAAGAAGACTCTCGTAAAGTCCCTTGTGGTGCTGGCCTCGATTGCTCACCTCCTCAGATCGTAAACAAGGAAATTGTCTCTCCTCCTTCCCTGGTACCTACGGTATTGAGCGAAGAGGATGAGGAGGTCATCAAATCAGTCGTGAAAGGATCGACACCTTCTTACACTCTCGAAACAAAACTCGGAGATT 3 1 5' arm Quercus_robur mirnest 100 cre-MIR1171 0.00008 -33.3 ..........((((((..(((((((((((((.(((..((((.........))))..)))...((((((.......)))))))))))))))))))..))).)))......... (-33.3)