mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGAGAGAGATAACACAGAC CTGTTCTATCTCTCTCTTCCA AATCAATCTAGTTTGAGAGAGATAACACAGACGAAACCAAGCTTCTTCCATCTCGTTGCCGCAGATCAAACTTTCCTATTCCTCGGATAAACCTCTCCTTCTGCGGCGGCGAAACAGAGGAACAAACCTCACTAACAAAAAAAGTTTATACCTTTATATTGTCTGTTCTATCTCTCTCTTCCAAAAATGGC GGATCTCCTCAAGCCATTTCGAAATCAATCTAGTTTGAGAGAGATAACACAGACGAAACCAAGCTTCTTCCATCTCGTTGCCGCAGATCAAACTTTCCTATTCCTCGGATAAACCTCTCCTTCTGCGGCGGCGAAACAGAGGAACAAACCTCACTAACAAAAAAAGTTTATACCTTTATATTGTCTGTTCTATCTCTCTCTTCCAAAAATGGCTCGTTCTCTCTCTAACGTTAAGTTCGTATCTGCTTTCGTCTCTCAAGAACTCTCCAATGCAATCTTCCGGCGTGGTTATGCGGCCACGGCGGCGCAGTCGAGCAGTGGAAAAGGTAGAGCAGTTGTTTCCGCGGTGACGAAGAAGGGAGTGGAAGAATCGAACAAGAAGATTTCTTGGATTCCTGATCCCAAAACCGGTTATTACAGACCGGACACCGGTTCCACGAGATTGACCAGCG 5 0 5' arm Raphanus_raphanistrum mirnest 100 ath-MIR2936 7e-16 -47.6 ..............((((((((((..((((((((....(((.((((((....(((((((((((((........(((........)))............)))))))))))))....)))))).((((................))))....)))....))))))))..))))))))))..(((....))). (-47.6)