mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GAGGGAGAGGGTTTAAGGCTC GTCATTAAGCTTCTTCTTTCA GACAGAGGAGAGAGAGTTGGAGAGGGAGAGGGTTTAAGGCTCTGTTAGGGTTTTAATTGGAGAGTCATTAAGCTTCTTCTTTCAACTCTTGAGGGTAAAATG GGGTCACAGCGACCAACTTCTGTCCTCCCAACAACGCACTGCCTAATAACGCAGGTGGTTGGTGTAACCCTCCGCTTCACCACTTTGATCTCTCTCAGCCTATCTTCCAACGCATTGCTCATTACAAAGCTGGTGTTGTCCCTGTTTCTTACCGAAGGGTTCCGTGTAAGAGAAGGGGAGGTATAAGATTCACCATCAACGGCCACTCTTACTTCAACCTTGTCTTGGTCACTAATGTCGGCGGCGCCGGAGATGTTCGGTCTGTGGCGGTTAAAGGTTCAAGAACAAACTGGCAGCCAATGTCTAGGAACTGGGGGCAAAACTGGCAAAGTAACAATCTGCTCAATGGTCAAGCATTGGCCTTTAAGGTTACTGCTAGTGATGGTCAAACTGTCGTCTCCAACAATGTTGCTCCGGCTAGCTGGTCCTTTGGACAAACCTTCTCCGGCCGTCAGTTCCGTTAAAATTGTGTCAGAAGTTTCGGTTTTATGTAGTTTAGGGTTTGTGTTGTGTCAAGGACAGAGGAGAGAGAGTTGGAGAGGGAGAGGGTTTAAGGCTCTGTTAGGGTTTTAATTGGAGAGTCATTAAGCTTCTTCTTTCAACTCTTGAGGGTAAAATGGTGAAAAGGGCTTATTTTAATAGGGCTCTTTTAGTCATTTTTAAGA 2 2 5' arm Raphanus_raphanistrum mirnest 100 100 -27.9 ...........((((((((((..((((((((.((((((((((((((((....)))))...)))))).)))))))))))))))))))))))............ (-27.9)