mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTCTTTGCTTCCCCAATGCTG GCTCAGGAGGCGGAGGAAC AGGGGCTGTAAAGGAGCACTCTTTCCATCTTTTCTTTGCTTCCCCAATGCTGTCTTAAAATCGTCTTCCTCGAGCTCGCTGCCGGAATCGATGGGCTCGAACTCCTTGGCGATAGGATCATCGGTGGGCGGCTCAGGAGGCGGAGGAACGTTGAGGGAGTCCTCCTGGATCATGTGC TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAGGAAACAAAAATGTGATGCATAATTTTCTTTTCCATCAGCATGGAACTAAAACAGGGTTCTTATCCTTGTACATGAAATATCTAGTGCATAGCTTCCCCAAAGTTGCAACCGAATGCTGCATCGAGTTTAGCTTCCTATCTCGGTACATGGCCTCAACGTCATCTCCACGTTTCTCGACCAAACGTCTAATATGAGTACGTTGCATAGTAATAAGGGGCTGTAAAGGAGCACTCTTTCCATCTTTTCTTTGCTTCCCCAATGCTGTCTTAAAATCGTCTTCCTCGAGCTCGCTGCCGGAATCGATGGGCTCGAACTCCTTGGCGATAGGATCATCGGTGGGCGGCTCAGGAGGCGGAGGAACGTTGAGGGAGTCCTCCTGGATCATGTGCTCGGTTCGAGATCGGATACCGAGCAAATTAGGGTTAGAGATGA 3 2 5' arm Raphanus_raphanistrum mirnest 100 100 -58.6 ....((.((..(((((.((((((((.((..(((((((((((((.....(((((((....((((...((((.....((((((..(((.((((.....))))..))).)))))).))))....)))))))))))...))))))))))))).)).)))))))).)))))..))...)).. (-58.6)