mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GAGAGCAAGAGCAGCTGCTTT AGCAGTGGCTCTTGTGCTCCC CGTGATCTAAGGAGAGCAAGAGCAGCTGCTTTGAACATTGTTCCCACATCTACAGGAGCAGCCAAAGCAGTGGCTCTTGTGCTCCCTAACCTCA GGGTGGATAGAGAAGGCGCAGGGAAACACATTGAAGCTGGAGCCAAGAAGGTTATCATTACAGCTCCAGGCAAAGGAGACATCCTAACTTATGTTGTTGGTGTCAACGCCGATGCTTACAATCCTGATGAACCGATCATCAGCAATGCTTCTTGCACTACTAACTGTCTTGCTCCCTTTGTCAAAGTTCTAGACCAGAAGTTCGGTATCATAAAGGGTACAATGACAACTACTCACTCATACACCGGTGACCAGAGGTTACTAGACGCTAGCCACCGTGATCTAAGGAGAGCAAGAGCAGCTGCTTTGAACATTGTTCCCACATCTACAGGAGCAGCCAAAGCAGTGGCTCTTGTGCTCCCTAACCTCAAAGGAAAACTCAACGGAATAGCTCTCCGTGTGCCGACACCAAATGTCTCAGTGGTTGATCTCGTTGTGCAGGTCACCAAGAAGACTTTTGCAGAGGAAGTTAACGCTGCTTTCAGAGACTCTGCAGAGAAAGAGCTTAAAGGTATCCTCGAAGTCTGCGATGAGCCGCTTGTGTCAGTTGATTTCAGATGCTCGGATGTGTCGTCCACCATTGATTCTTCACTCACTATGGTGATGGGAGATGATATGGTTAAGGTGATTGCTTGGTATGATAATGAATGGGGTTACTCACAGAGAGTTGTTGATCTCGCTGGCATTGTTGC 2 0 5' arm Raphanus_raphanistrum mirnest 100 100 -37.3 .......((.((((.((((((((.(((((((((....(((((((..........))))))).))))))))).)))))))).)))).))...... (-37.3)