mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGCTTGGTGCAGGTCGGGAA CCCGCCTTGTATCAAGTGAAT TATGTTGCGGCGGCCTCTGATTCGCTTGGTGCAGGTCGGGAACTGATTGGCTGACACAGCCACGTGGGTTTTCATGGTTGGCTCGTGAGCAGGGATCGGATCCCGCCTTGTATCAAGTGAATCCGAGTCCGACGTGAAAG GGATGGTAACTGTTCTTTCTCTTTCTTTCTTCTTTCTAACTTTTCCATTGAGAACGTCCGAGGAGGATGACCAAATATGTTGCGGCGGCCTCTGATTCGCTTGGTGCAGGTCGGGAACTGATTGGCTGACACAGCCACGTGGGTTTTCATGGTTGGCTCGTGAGCAGGGATCGGATCCCGCCTTGTATCAAGTGAATCCGAGTCCGACGTGAAAGATAAAGTCTTAAAGACTTTCAGATCTCATCAAGTATCCTTTGTTCTTCTTTTTCAATCTCTTTAGTTTTGAAGCATGAGGATTAATGGCTATGTTCTTGAAATTTCAGGATCTGGGGGTTTCTTAGCTATAGATCTTGTATTTGAATTCTTCATAGGTCATTGAGTTAGATTTTGGTGATGCCCACTCGATTTATGGATGTGTTGATTCTGAATCTTGAAGCTTTATGGTTAGGTTAATGGGGGTGTGTTGAGAAATTTCAGGGTTTATGCTGCTTCTATATTGGTGATGATGGGATTTAGTGTTACAGGTTAGTTCCTTCTACTGAATCTCTGAGTTTTACATTTGGGCATCTGAATTTAATTTTC 2 0 5' arm Raphanus_raphanistrum mirnest MIR168 3e-27 bna-MIR168 8e-58 -63 ....(((((.(((.(((.(((((((((((((((((.(((((.((((((.(((..(((((((.(((((....)))))...)))).))))))...)))))).))))).))))))))))))))))).))).))).)))))... (-63)