mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCCGCCTTGTATCAAGTGAAT TCGCTTGGTGCAGGTCGGGAA AATATGTTGCGGCGGCCTCTGATTCGCTTGGTGCAGGTCGGGAACTGATTGGCTGACACAGCCACGTGGGTTTTCATGGTTGGCTCGTGAGCAGGGATCGGATCCCGCCTTGTATCAAGTGAATCCGAGTCCGACGTGAAAGAT GGATGGTAACTGTTCTTTCTCTTTCTTTCTTCTTTCTAACTTTTCCATTGAGAACGTCCGAGGAGGATGACCAAATATGTTGCGGCGGCCTCTGATTCGCTTGGTGCAGGTCGGGAACTGATTGGCTGACACAGCCACGTGGGTTTTCATGGTTGGCTCGTGAGCAGGGATCGGATCCCGCCTTGTATCAAGTGAATCCGAGTCCGACGTGAAAGATAAAGTCTTAAAGACTTTCAGATCTCATCAAGTATCCTTTGTTCTTCTTTTTCAATCTCTTTAGTTTTGAAGCATGAGGATTAATGGCTATGTTCTTGAAATTTCAGGATCTGGGGGTTTCTTAGCTATAGATCTTGTATTTGAATTCTTCATAGGTCATTGAGTTAGATTTTGGTGATGCCCACTCGATTTATGGATGTGTTGATTCTGAATCTTGAAGCTTTATGGTTAGGTTAATGGGGGTGTGTTGAGAAATTTCAGGGTTTATGCTGCTTCTATATTGGTGATGATGGGATTTAGTGTTACAGGTTAGTTCCTTCTACTGAATCTCTGAGTTTTACATTTGGGCATCTGAATTTAATTTTC 1 0 3' arm Raphanus_raphanistrum mirnest MIR168 3e-27 bna-MIR168 9e-58 -63 ......(((((.(((.(((.(((((((((((((((((.(((((.((((((.(((..(((((((.(((((....)))))...)))).))))))...)))))).))))).))))))))))))))))).))).))).)))))..... (-63)