mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCCGCCTTGCATCAACTGAAT TCGCTTGGTGCAGGTCGGGAC AAGGTTATGATAAAGTCACCGTCGGGCTCGGATTCGCTTGGTGCAGGTCGGGACTAATTCGCTGACACAGCCACGTGGCTCTTTTTCTTATTGGTTTGTGAGCAGGGATTGGATCCCGCCTTGCATCAACTGAATCGGAGCTCCCACGGTGAAAACAAAAACCAA GGGTCTTCGTTTGATAGGGTTCTAACATTGAGAAACACTATTTCCCTATTTACAAAACCTAAAGTTCTGCTTCTTCTCTTTCTTCTGCTTTCAGATTTGTAGAGAGACAGAAAGGTTATGATAAAGTCACCGTCGGGCTCGGATTCGCTTGGTGCAGGTCGGGACTAATTCGCTGACACAGCCACGTGGCTCTTTTTCTTATTGGTTTGTGAGCAGGGATTGGATCCCGCCTTGCATCAACTGAATCGGAGCTCCCACGGTGAAAACAAAAACCAAAAAAACCATTCAGATCTGGAAGAAATATATATTATTATTATCTTCATCAATCTCTGTTTTTTCTCTTGCGTAAAAGTTGAAGTATCTATAGTAAAGCTCCGTGATATTGCCCTATGGTTTAACAAACTTCAGATTTTGTTAGAATCTGAAGAACGTTTAAATTCAAGATCTTAAGTTAGTGTTGGTGTAATCACTTCTTGATTCAATCTGTTCCAAAAGTTAATTCTTATGGTCCTCTTATTTATAAGGTAGAGATGATGATAACAAAGAGCTCTGTTCTTGAGAATCTTAGTTTCTGGTGGTTTACTTTGGTTCT 2 0 3' arm Raphanus_raphanistrum mirnest MIR168 7e-53 aly-MIR168a 3e-33 -65.5 ..((((.........(((((((.((((((.((((((.((((((((((.((((((((((((.(((.((((((((..................))).)))))..)))))))))).))))).)))))))))).)))))).)))).)).))))))).......)))).. (-65.5)