mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGCTTGGTGCAGGTCGGGAC TCCCGCCTTGCATCAACTGAAT GGTTATGATAAAGTCACCGTCGGGCTCGGATTCGCTTGGTGCAGGTCGGGACTAATTCGCTGACACAGCCACGTGGCTCTTTTTCTTATTGGTTTGTGAGCAGGGATTGGATCCCGCCTTGCATCAACTGAATCGGAGCTCCCACGGTGAAAACAAAAACC GGGTCTTCGTTTGATAGGGTTCTAACATTGAGAAACACTATTTCCCTATTTACAAAACCTAAAGTTCTGCTTCTTCTCTTTCTTCTGCTTTCAGATTTGTAGAGAGACAGAAAGGTTATGATAAAGTCACCGTCGGGCTCGGATTCGCTTGGTGCAGGTCGGGACTAATTCGCTGACACAGCCACGTGGCTCTTTTTCTTATTGGTTTGTGAGCAGGGATTGGATCCCGCCTTGCATCAACTGAATCGGAGCTCCCACGGTGAAAACAAAAACCAAAAAAACCATTCAGATCTGGAAGAAATATATATTATTATTATCTTCATCAATCTCTGTTTTTTCTCTTGCGTAAAAGTTGAAGTATCTATAGTAAAGCTCCGTGATATTGCCCTATGGTTTAACAAACTTCAGATTTTGTTAGAATCTGAAGAACGTTTAAATTCAAGATCTTAAGTTAGTGTTGGTGTAATCACTTCTTGATTCAATCTGTTCCAAAAGTTAATTCTTATGGTCCTCTTATTTATAAGGTAGAGATGATGATAACAAAGAGCTCTGTTCTTGAGAATCTTAGTTTCTGGTGGTTTACTTTGGTTCT 2 1 5' arm Raphanus_raphanistrum mirnest MIR168 7e-53 aly-MIR168a 3e-33 -63.6 ((((.........(((((((.((((((.((((((.((((((((((.((((((((((((.(((.((((((((..................))).)))))..)))))))))).))))).)))))))))).)))))).)))).)).))))))).......)))) (-63.6)