mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGACAGAAGAGAGTGAGCACA TGCTCACTGCTCTCTCTGTCAGA ACAAAAGAAAAACATAGCAACTGACAGAAGAGAGTGAGCACACAAAGGTAATTTGCATATACTGCATTTGCTTCTCTTGCGTGCTCACTGCTCTCTCTGTCAGATTCTAATGCTGATCTCTT TTTTTCCTATATTCATATTCGTATCTCTGGAGATGGAAGAACTGCGAGTGGAATGAGTTGGGACAAAAGAAAAACATAGCAACTGACAGAAGAGAGTGAGCACACAAAGGTAATTTGCATATACTGCATTTGCTTCTCTTGCGTGCTCACTGCTCTCTCTGTCAGATTCTAATGCTGATCTCTTTGGCCTGTCCTTGTTCTCTTTGTCTCAATCTCTCTCTCACATACACAACCTCTCTCTACTTCTCTTGTTCATCTCAAATAAAAGGTAAGCTTAGTATAGGATTAATTTAAACGATGGCTTGTTCTTGTTTAGAGTTTGGTTCGATCTGATTGCATGCGAGGTGAGAGCTTTAGACCTTAACCATTCATTATAGTTTAAGGTATCGAAAAAGCTTAATCTATGAGATTAGGCGTGGTTAAACGAAATTAAGCATGGTAACCTAGTTTTAAGTAGGCTGGTCCTTAATTTTCTCGATTCATGTATATATTATATCATTTATTTTTTTCCTTTTCTCGGGGCTTTTTAATCCCTAGCTACCTTTTTATACTCATATACAGTATATATCATGAATCATGTGATCATCTCATTTTGCGTGTATAAGATGTTGCAAGAGTACTTTGGTCATGATATTTGCATTATAAGAATGAGTCGCCCGCTTCTTGGTTATCTAAATGGTTTGCTCGTGCATTTTGATTCCATGAAGTACAGAATTATCTATGTT 1 2 5' arm Raphanus_raphanistrum mirnest mir-156 9e-27 aly-MIR156a 9e-36 -41.7 ..............(((((.(((((((((((((((((((((.(((((((((..((((.....)))).))))))...))).))))))))).)))).)))))))).......)))))....... (-41.7)