mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCCGCCTTACATCAACTGAAT TCGCTTGATGCAGGTCGGAA TCGAATCTTGTCTCTGTTTGATCGGGCTCGGATTCGCTTGATGCAGGTCGGAACTGATTGGCTGACACAATCACATAGGTGCTTTTGCCTTATTGGTTTGTAAGTAGGGATTGGCTCCCGCCTTACATCAACTGAATCGGAGCCTTCAATGGTGAAACGAGTCCAAT GGACCATCACACATTCACGTTTCTCTTTCTTTCTCTCTCGACGGATGCTCTTCTCTCCTTCTCTCTTGACTCCTCGACGAAACCGACTGTCTCTGGTCATCTCTCCTCGAATCTTGTCTCTGTTTGATCGGGCTCGGATTCGCTTGATGCAGGTCGGAACTGATTGGCTGACACAATCACATAGGTGCTTTTGCCTTATTGGTTTGTAAGTAGGGATTGGCTCCCGCCTTACATCAACTGAATCGGAGCCTTCAATGGTGAAACGAGTCCAATTAAATCTGGAGAACAGTTTGATTCAAGATCTAGGGTTTGGATTCTTACAATCCTCATGTGATTTGATTTCTAAAGGTAGAGAACTAGGATAAAAGGTAATTGGTTTATGGAAATTTTCTGGCTTTTTTTCTTTAAATTGTTGATTTTAAGTTAAAATCATCAATAAAAACGTATGTGATATTTGAAAAAAAAACAGTTTGACAAATCCACTGTATGATATGAAGAAGATAGAGATCTCGTTACATGAGCAATCTGTTGTCTTGGTTTTCTCTAAGAAGGTTCATCTATGTTTTGATTTAGCTTCTTGATGAAATCAATGTTTATCTCTAGTCTTATTGTAGTAGAAACGCAGGTTTAAAGATGTCCACTTCCATCTCCTTATTTCAAGACAGGCATCATCGGAGATGGGTT 3 1 3' arm Raphanus_raphanistrum mirnest MIR168 0.000000000000003 ath-MIR168a 0.0000000000001 -54.4 ......(((((.((...((((..((((((.((((((.((((((.((((.(((.((((((.(((.(((.(((((...((((......))))...)))))))).)))...)))))).))).))))..)))))).)))))).))))))))))....)).)))))...... (-54.4)