mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGGATTGAAGGGAGCTCTA GGGCTCCTTATAGTTCAAACG AGAACTGGAAGTAGGGCTCCTTATAGTTCAAACGAGAGTTTAGCGGGGTAAAGAAAAGCTGCTAAGCTATGGATACCATAAGCCCTAATCCTTGTATTGAAAAAGGACTTGGTAATATGGCTTGCATATCTCAGGAGCTTTAACTTACCCTTTAATTGCTTTTACCCTTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCTACATCTTCTTT GAAAAGTTTGACTTGTCTTCTCTTTCTCTCCTTCTCTCTAAATCTGATTAGAGTTGGGGTTTTTCATCTTTGCTTTCAAAGTTTCAAGGATTCTTTTTAGTTTCTCTAACATAGGCTTATAATTGTATAGTTTCAGTCATTTCGTTTAAGGTTTCTTGAGTCTACATAGTTTCAGTTCAGATCTATATAATAGCGGTTCTTGATTTGTTAAGCTTCTTTGCTTCTCGAATCTCGATAGATCTTGGCCTCGCAAAATGATTTCCTTGAAAACAAAGAACTGGAAGTAGGGCTCCTTATAGTTCAAACGAGAGTTTAGCGGGGTAAAGAAAAGCTGCTAAGCTATGGATACCATAAGCCCTAATCCTTGTATTGAAAAAGGACTTGGTAATATGGCTTGCATATCTCAGGAGCTTTAACTTACCCTTTAATTGCTTTTACCCTTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCTACATCTTCTTTCACTTTATCTATATCTATTTCTCTATAGTAATTAATGAATTCAGTGTTGATTTTGATTACTTTTGCAGTGACAAGCGCATTCGTCTTGAGGAGTATTTTTTGTGGTGATGGTTTTGACTTTTGATCCTTAAGTAATGTATGCTGTGGTGTTTAATTGATTTTCTTGCTTGTGTGTAACTAGGGTTTATGTAAATGCTTCGGTAATATGCGAAGATCCATATTTACACGCAATAACTTTCTCTAATTGTTTCGAAAAAACTTCCTATATCACATCAGATATTTGGTATAGTACTCTTTAATTTATTTTGGAGATCGTT 1 0 3' arm Raphanus_raphanistrum mirnest MIR159 2e-66 bra-MIR159a 4e-76 -62.7 ......(((.((((((((((((.(((((((((.(((.((..((((((((((...((((((.((.((.((((.......((((((.((..((..((.((....))..))..))...)).)))))))))).)).)).))))))...)))))))......)))...)).))).))))))))).)))))))))))).)))..... (-62.7)