mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTTCGTTTTCTGTTCGACCTT GGTCGAACAGACAACGAAACA CAGTGCGCAAACACTTGTCAACGGAGTAATCTCGATCTGATTCCATCTTATCTTCGTTTTCTGTTCGACCTTGGTTTTGGCTTTTACCATCACGTTAAAAAAGGTTTTTAAATCACATATTAAGCTCTATGACGGCAAATTAAAAACCAAATGCAAATTTTGACTCCTTAGGAAGTAACGACTCTTAATAACAAGGCTAGTTCTTTCGACTCCTTAGGACGTAACGACTCTTAATTGTTGTATATGAAAAATTAGTGATATTACAGTATATCTTTTTTTTTGAAAATAAGTATGTCAGTATATCAATATTAACAATACTCATGGTCTTGCGTATGTGCAGATGCAACAAGCATGCTGAGCTATACAGACTTCTTTCACGTCAATAAGTTCTATATACATGTCTATGTTGATTTGTACCCATGTACATAATATGTATATCATACTCAATGGGTAAAACATTCTCCCTCTAACCGGACTAACCTAAATGCTTTTAAACGAATGTTTCCATATTTTAACAATTGTTTCTTCATATCGAAATTCGCTTGCATGCTTCTATACAACTTTATGCAAAATAAATAAAATCCGTATGTATATGAATATATTGATTTATATATGTATTTTGAAAACTTAAACGCATACCATCAATCAAATAGAATATCGTATGTGTAGTGTTGTGTGTCTTGTATGGTTAAAAGTTAAAACTATCTATGTAAAACCATACCAAAAAATCCTGAGAAACTAAAAGTTTATATCGTCATCCGGATTATTCACAAATCGATATCATGTAATAGTTGATGATATGATCATAAGAAGGATGTATGAAAGAAATAATCGGATATAGGTTAACAAGGTTGGAGAACTGGGGTTTCCGAGGACAGATCGAGACCAAGGTCGAACAGACAACGAAACAAAGATGGAAACACATAAGATTGCTCACGTTGACAAGCCTAGCATCGAA ACAATAACGTGCCTCGATTTACATAATTACATCTTACAAAATTGCTTAATTATTCCACTACGTCAGAATCATGCACTTATAAATATTATATATATAGATACACATAAAATGTATGTATAAGCACAGCTAAGTGGTTGGATTCAGTGCGCAAACACTTGTCAACGGAGTAATCTCGATCTGATTCCATCTTATCTTCGTTTTCTGTTCGACCTTGGTTTTGGCTTTTACCATCACGTTAAAAAAGGTTTTTAAATCACATATTAAGCTCTATGACGGCAAATTAAAAACCAAATGCAAATTTTGACTCCTTAGGAAGTAACGACTCTTAATAACAAGGCTAGTTCTTTCGACTCCTTAGGACGTAACGACTCTTAATTGTTGTATATGAAAAATTAGTGATATTACAGTATATCTTTTTTTTTGAAAATAAGTATGTCAGTATATCAATATTAACAATACTCATGGTCTTGCGTATGTGCAGATGCAACAAGCATGCTGAGCTATACAGACTTCTTTCACGTCAATAAGTTCTATATACATGTCTATGTTGATTTGTACCCATGTACATAATATGTATATCATACTCAATGGGTAAAACATTCTCCCTCTAACCGGACTAACCTAAATGCTTTTAAACGAATGTTTCCATATTTTAACAATTGTTTCTTCATATCGAAATTCGCTTGCATGCTTCTATACAACTTTATGCAAAATAAATAAAATCCGTATGTATATGAATATATTGATTTATATATGTATTTTGAAAACTTAAACGCATACCATCAATCAAATAGAATATCGTATGTGTAGTGTTGTGTGTCTTGTATGGTTAAAAGTTAAAACTATCTATGTAAAACCATACCAAAAAATCCTGAGAAACTAAAAGTTTATATCGTCATCCGGATTATTCACAAATCGATATCATGTAATAGTTGATGATATGATCATAAGAAGGATGTATGAAAGAAATAATCGGATATAGGTTAACAAGGTTGGAGAACTGGGGTTTCCGAGGACAGATCGAGACCAAGGTCGAACAGACAACGAAACAAAGATGGAAACACATAAGATTGCTCACGTTGACAAGCCTAGCATCGAATCCAACCACTCTTGATCGTCTCCATCTTCTGATACCGATCATTATATATCCAGTATTATTCTTAATAGTAATATTTTCAAAGAAAAAAA 2 0 5' arm Raphanus_raphanistrum mirnest 100 aly-MIR858 3e-31 -204.2 ..((((.......(((((((((((((((((((..((.((.(((((((((...((((((.(((((((((((((((((((((.(((((.........)))))..(((((((((.((.((((........))))..))....))))))))).(((....)))(((..(((((.(((((.(((...((((......))))...))))))))((((((.(((((.((....))))))).(((((((((..((((((..((..((((....))))..))..))))))((..((.(((((((.(((((....))))).)).))))).))..)).(((......))).)))))))))(((((..(((((.....(((.........)))....)))))......)))))..(((((......(((((((((((((...))))))..........))))))).))))).....((((((((....(((((((.((.........(((.((((((((((((....((((((((.....(((((((..((((.(((((((..............))))))).((.......))..((((((((((((((......))))))))))))))..)))).(((...((((((((.((...((.....))..)).))))))))))).(((((.((.((((((((((.......................))))))).)))..((((((((.(((((...)))))...)))......))))))).))))).))))))).....))))))))..)))))).(((((.........)))))..)))))).))).)).)))))))....))))))))....))))))...)))))))).))))))))))))))))))))).))))))...))))))))).)).)).))))))))).))))))))))....)))).... (-204.2)