mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTGCGTTTGCGGGTGGTAGCG CAAACGCCCGCAACCGCAAAC TTTATCCTCCCGCAAACGCCCGCAACCGCAAACGCTAGCTGGAACCAGCTTTTGAATTTATGAGGTTCAGAGCGATTTGGAGCGATTTGGAGCGGTTTAGAGCGGTTTGAGCGATTGTTGCAAAACGCCAGCAACCGCTACCAACCGCAAAAGCTGCGTTTGCGGGTGGTAGCGGGAAAACCA ATCAACGCAGAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGAAAAAAAATAATTTTTTTTTTATCCTCCCGCAAACGCCCGCAACCGCAAACGCTAGCTGGAACCAGCTTTTGAATTTATGAGGTTCAGAGCGATTTGGAGCGATTTGGAGCGGTTTAGAGCGGTTTGAGCGATTGTTGCAAAACGCCAGCAACCGCTACCAACCGCAAAAGCTGCGTTTGCGGGTGGTAGCGGGAAAACCAGTCATACCCTTAGCCGATGATGGAGAAGAGAGTGAATGAGTACGGTAAGGATATAAAATTAGAGCAATGGTTTAAGTTGGGCCTTTGGGCCGTCGTCAAAATATAATAACGATAAAAATGCATGTATGTAAAATCAGGTATTATATATATTTCTATTATGAGTAGTAGAGACATTCCCGGGCTACGCCCCGGGGTTATTTTCCTATATTTTAATTAAATTTCGATTACTTGAAAATTTATATCTGAATGTAAATAATATATTTTATAGACTGAATACAATAAACACTAAAACAAAACTCATATTA 5 0 3' arm Brassica_napus mirnest 100 100 -68.2 .......((((((...(((((((((.((((..(((.(((((....)))))((((((((.....))))))))))).((((((....))))))((((((...(((((((...((...((((....))))...)))))))))...))))))......)))).)))))))))...))))))...... (-68.2)