mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTTCTTCTTCTTCTTGGATG TCCAGGAATGGGAGATTATC AGGTGAAAGACGTCCAGGAATGGGAGATTATCGAGATGTGCTCAAGGCTATGCAAGGGAAGGTGGACATAAACACGTACGAGTACAAGAAAATTCCAAAACTATAAACCAAGTCAAATCCAGTTAATGTCTAACTCTTTTAAAGAGTGTAATTTCATGTATCAGAGTTTTCTTCTTCTTCTTGGATGTCTTTCTGT GGGATTACATTCTCCTTTACTTTCTACTACTACGGTTGTGTTCATTTGTTGGCGATTGAGGCTCACTTGCTGAGCTAATATAGCTTTCTCGATTTTCTAAATCTGATTCACCTTTTGATCTCACAAAGTCATTTGCTTTGTGACTATCCAAAAGATGACAACAATCCAAACTGGTCCTTCTACTCTCAAGCAGCCAGCATTGTTTAAAAGGTGGGGAAGGAGACACCCTTTTGTACGATACGGACTTCCCATGATCTCTCTCACTGTTTTCGGAGCCCTTGGACTCGGCCAACTCCTCCAAGGCAGTAATGATATCGCAAAGGTGAAAGACGTCCAGGAATGGGAGATTATCGAGATGTGCTCAAGGCTATGCAAGGGAAGGTGGACATAAACACGTACGAGTACAAGAAAATTCCAAAACTATAAACCAAGTCAAATCCAGTTAATGTCTAACTCTTTTAAAGAGTGTAATTTCATGTATCAGAGTTTTCTTCTTCTTCTTGGATGTCTTTCTGTGTTAGCTGCTACAAACTCGCCAACGACTAATTAATACTTGTTTCATCTAAATGTATTAATTAGTTGTTCTTGGCTAAAAAAAAAAAAAAAAAA 4 1 3' arm Raphanus_raphanistrum_subsp._landra mirnest 100 100 -44.693 ....((((((((((((((((.((((((...((((.(((((..((...((.((.(((((....(((((((.(((................................................))).))))))).))))).)).))..))......))))).)).))....))))))..))))))))))))))))... (-44.693)