mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCTTCTCATCGATGGTCTAGA TAGACCATTTGTGAGAAGGGG GACAGGTTCGCTCGAGTTGTCTCTCATGTCTAGACCATTTGTGAGAAGGGGTTTTATAGGTGCACCTCACCAATCTCTAAATGACTAAATATACGATTAGTATTAGGCTCATATAAGGAAGTTAACTTCTATACATAAAGTGCACTGATGACTTTTCCAGATGCTATATAGATACTTTTTAGAATTAGGTCATGCCAAGTCTCCAACTCATATATAATCGTATACACTTTTGGACATACATTTTCTCTAAGAGATGCCAAACTTCTGTCTGGAGTGGAGCTTTCTCGTGATAGCTCATAATTTGTAGCTTGCACAACTTAAGCTACACTAGTTTACTTGATAAAAAAATTGAGTGGAGTGGGGGGGAGGTGCTGGATTATTTCCCCTTCTCATCGATGGTCTAGATTTGCGAGGTGACTCTAATAGTGGTAA GGGCTCTCTTCTTCCTTCTTCATTCGCTCTCGCTCTGTAATATCTCGTTCATTAAGTGCTACATTTAAGCATGGAGCTGTAGTGGTTGACTAAATTGAAGACTGATGACAGGTTCGCTCGAGTTGTCTCTCATGTCTAGACCATTTGTGAGAAGGGGTTTTATAGGTGCACCTCACCAATCTCTAAATGACTAAATATACGATTAGTATTAGGCTCATATAAGGAAGTTAACTTCTATACATAAAGTGCACTGATGACTTTTCCAGATGCTATATAGATACTTTTTAGAATTAGGTCATGCCAAGTCTCCAACTCATATATAATCGTATACACTTTTGGACATACATTTTCTCTAAGAGATGCCAAACTTCTGTCTGGAGTGGAGCTTTCTCGTGATAGCTCATAATTTGTAGCTTGCACAACTTAAGCTACACTAGTTTACTTGATAAAAAAATTGAGTGGAGTGGGGGGGAGGTGCTGGATTATTTCCCCTTCTCATCGATGGTCTAGATTTGCGAGGTGACTCTAATAGTGGTAAAGAGAAACAGTGATCTCGGGAAGCATCCACAATAATGATATTCCTGAATAAGGTTTGAAAATTCTCAGCTTGTAAAATTATTATTGTATTGCTAAATTTAGACCAGTGATCTGCTATAATGCAGCACATTAAAAA 1 0 3' arm Raphanus_raphanistrum_subsp._landra mirnest MIR824 2.0E-12 bra-MIR824 1.0E-13 -119.8 .......(((((.((((((((((.((.((((((((((((.(((((((((((....((((..(((((((.((..(((.((.((((((.(((((.......))))).)).)))).)).)))(((..((((.........))))..))).((((((((((.(((...(((....)))...))).)))..))))))).((....(((((.((((......((((..((.(((((((((((.......((((...))))...........))))))))((.(((((.((....)).)))))...)).(((((((((.......)))))))))..))).))..))))........)))))))))..)).)))))))))....))))..))))))))))).)))))))))))).)).))))))))))....)))))... (-119.8)