mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGACCATTTGTGAGAAGGGG CCTTCTCATCGATGGTCTAGA TGACAGGTTCGCTCGAGTTGTCTCTCATGTCTAGACCATTTGTGAGAAGGGGTTTTATAGGTGCACCTCACCAATCTCTAAATGACTAAATATACGATTAGTATTAGGCTCATATAAGGAAGTTAACTTCTATACATAAAGTGCACTGATGACTTTTCCAGATGCTATATAGATACTTTTTAGAATTAGGTCATGCCAAGTCTCCAACTCATATATAATCGTATACACTTTTGGACATACATTTTCTCTAAGAGATGCCAAACTTCTGTCTGGAGTGGAGCTTTCTCGTGATAGCTCATAATTTGTAGCTTGCACAACTTAAGCTACACTAGTTTACTTGATAAAAAAATTGAGTGGAGTGGGGGGGAGGTGCTGGATTATTTCCCCTTCTCATCGATGGTCTAGATTTGCGAGGTGACTCTAATAGTGGTAAA GGGCTCTCTTCTTCCTTCTTCATTCGCTCTCGCTCTGTAATATCTCGTTCATTAAGTGCTACATTTAAGCATGGAGCTGTAGTGGTTGACTAAATTGAAGACTGATGACAGGTTCGCTCGAGTTGTCTCTCATGTCTAGACCATTTGTGAGAAGGGGTTTTATAGGTGCACCTCACCAATCTCTAAATGACTAAATATACGATTAGTATTAGGCTCATATAAGGAAGTTAACTTCTATACATAAAGTGCACTGATGACTTTTCCAGATGCTATATAGATACTTTTTAGAATTAGGTCATGCCAAGTCTCCAACTCATATATAATCGTATACACTTTTGGACATACATTTTCTCTAAGAGATGCCAAACTTCTGTCTGGAGTGGAGCTTTCTCGTGATAGCTCATAATTTGTAGCTTGCACAACTTAAGCTACACTAGTTTACTTGATAAAAAAATTGAGTGGAGTGGGGGGGAGGTGCTGGATTATTTCCCCTTCTCATCGATGGTCTAGATTTGCGAGGTGACTCTAATAGTGGTAAAGAGAAACAGTGATCTCGGGAAGCATCCACAATAATGATATTCCTGAATAAGGTTTGAAAATTCTCAGCTTGTAAAATTATTATTGTATTGCTAAATTTAGACCAGTGATCTGCTATAATGCAGCACATTAAAAA 1 0 5' arm Raphanus_raphanistrum_subsp._landra mirnest MIR824 0.000000000002 bra-MIR824 0.0000000000001 -119.8 ........(((((.((((((((((.((.((((((((((((.(((((((((((....((((..(((((((.((..(((.((.((((((.(((((.......))))).)).)))).)).)))(((..((((.........))))..))).((((((((((.(((...(((....)))...))).)))..))))))).((....(((((.((((......((((..((.(((((((((((.......((((...))))...........))))))))((.(((((.((....)).)))))...)).(((((((((.......)))))))))..))).))..))))........)))))))))..)).)))))))))....))))..))))))))))).)))))))))))).)).))))))))))....))))).... (-119.8)