mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAACTGTTTCAATTCCATATA TAAGGAATTGAAACAGCGCCA GCCTAGTGGCAGTTTGATACTGTTACTGTCACGTGACGTAAACGCGAATTTCTAAGGAATTGAAACAGCGCCAACTAGTGGCACTACTGCACAACTGTTTCAATTCCATATAAATTTGCGTTTACGTCAACGTGATAGTAACAGTATGAAAATATTGAAAA GCACAGTTAATATAAATATATTTGGAATTATTCAGAGGCTTCACAATATTTGGAAGAAGTAGCTTGACAGCGTTTCATCCATCCAGTTTTGACGTTCGGCGTATTTACCACATACAATACATTGACGTTTCGTATAAAATGAACTGAGGGCCTAGTGGCAGTTTGATACTGTTACTGTCACGTGACGTAAACGCGAATTTCTAAGGAATTGAAACAGCGCCAACTAGTGGCACTACTGCACAACTGTTTCAATTCCATATAAATTTGCGTTTACGTCAACGTGATAGTAACAGTATGAAAATATTGAAAACTCCCACTAGGCACACTGTACAAGCGGTCACGAATAAAAGCGGACACGTGTTCATGTCGTCCTGTCTACCAAAACCATTCAAACTCAATCGAAAATATTGCTTTCTCTTTCGTTGCGATGGGACGAAAGAGATAGCAATAGATTTCGCCACTATTGGTCGACATTTGACTCTTTTCGAGATGTGTCGTATGCACATTTTGGGCTTACTGACGCGATGATTCTTCGACGCATAGTCAATTACTTTGATTGTAATATTTATAGAGATGTTAATTCACGTCGCTATCTATAATTAAATCGCGATATATCAAAGCCCCGATTATACCCTACACCCCTTCGGTATAC 5 0 3' arm Bicyclus_anynana mirnest 100 100 -74.4 (((....)))..(((.(((((((((((((((((((((((((((((((((((.((.(((((((((((((.((((.....))))............))))))))))))).)).))))))))))))))))).)))))))))))))))))).))).......... (-74.4)