mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCTCTTCCTCTTCCTCTTCAT AGAGAGAAAGAGAGAGAGAGA ACCAAACATTGCCTCTTCCTCTTCCTCTTCATCCTCCTCCGGTTTTTAACTTTCCAATGAACCAGAGGGAGTATCATATGAACGGATTCTTTGAAGCACCGCCACCTGGAGCTTCTGCTTACAACAACATTACAAACCAGGCAAGGTTTGGTTCTTCTAACAGCAGCTCCGTACCTTGCTCTATCTCCATGTTAGACGAATACTTGTTTTCCCAGATGCAGCAACCGAACTGAGAGAGAGAAAGAGAGAGAGAGATTTTGATG GTCCAGAGATTACGATTTCGGGTCAAGAAACGAGCTTACTTGATGAGTTAACCGACGGACATTTGAAACCGCAGCAGCAGTTCACTGATAATAACATTATCCCATACATTCCCAGTCTGCAGAATGATCTGAATCATCACCAAACATTGCCTCTTCCTCTTCCTCTTCATCCTCCTCCGGTTTTTAACTTTCCAATGAACCAGAGGGAGTATCATATGAACGGATTCTTTGAAGCACCGCCACCTGGAGCTTCTGCTTACAACAACATTACAAACCAGGCAAGGTTTGGTTCTTCTAACAGCAGCTCCGTACCTTGCTCTATCTCCATGTTAGACGAATACTTGTTTTCCCAGATGCAGCAACCGAACTGAGAGAGAGAAAGAGAGAGAGAGATTTTGATGAATGATGATACAACATCTTGAAGATGTTTTTTTT 5 0 5' arm Raphanus_raphanistrum_subsp._maritimus mirnest 100 100 -56.3 ..((((.(((..(((((.(((((.(((((..((.(((((.(((((.............))))).)))))(((.((...((..(((.(((...)))...))).))..(((((((.(((.(((.((.(((....((((((......))))))))).)).)))))).)))))))....(((((.(((((.......((((((....))))))....))))).)))))..)))))))..))))).))))).))))).)))))))... (-56.3)