mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGATTGAGCCGCGTCAATATC TATTGGCCTGGTTCATTCAGA TAGCACTAGAGAGTCCTCTTTGATATTGGCCTGGTTCATTCAGATCTTCCCGACCAAACCACGCAACAACTCTCTTAGATATCTGATTGAGCCGCGTCAATATCTCAGTGCTCTCTCGTCTCTC GGATCACACTTCCCCTCACACGTCTATCTTCTTTTATTTTCACAAGACATATGTCTTCCTTTGAATCTGCACCATTTAGCACTAGAGAGTCCTCTTTGATATTGGCCTGGTTCATTCAGATCTTCCCGACCAAACCACGCAACAACTCTCTTAGATATCTGATTGAGCCGCGTCAATATCTCAGTGCTCTCTCGTCTCTCTTTCTCTCTCTGTTTCTTGTAGATCTACTTATAGCTATATATTTACTTTTTATGCTTATGTATGTGTTGAAAATGGAGACTGGTAGATTCTTTGTTGATGTCAAAACTCTTTTTAGGTAACTGATCTTGCTTAGAATGTCTAGAGTTTTTTTTAAACAAGTCATTCACCAGACACTAATGGTGTGTCTCAATGGAAGCCTAACCCTTTCTTGTCATCCAAGGTGCCCCCACAAAACCCTTCATCAGCTTCTTTTATCTCTTCTACTGCTTTGCTTCATTATTATCTATGGATTCCTTTTGTAATGTATAGTTTATTGTCTACTACTTTTCATTAAAACAAAATTAAGACAGAAATTTCAGCTTGACTGATCTTGTTTATCAGTACTACAAACTAAAGAGTGTTAGGGTTAATTAGTTAAATATACAAAATCACAATAATTTGAAAGGACAATGATATGTTATGTAGATGTCACAATCACAATAGAGTAGAAGAAACAATGGCATATATTGAAGTGGATCATCATGGGATTTTA 2 0 3' arm Raphanus_raphanistrum_subsp._maritimus mirnest MIR171_1 0.000000000008 bra-MIR171e 0.000000000000002 -36.1 ....((.(((((((...((..(((((((((.(((((((.((((((.((.............................)).)))))).))))))).)))))))))..)).))))))).))..... (-36.1)