mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGATAAACCTCTGCATCCA GAGGCAGCGGTTCATCGATC GGAAAGTCACTGGAGGCAGCGGTTCATCGATCTCTTCCTGTGGATTTTTTTGTTTGTTTCTTTGTTGTTGTTGGAAAGAGATTAAAAGCACGAACAGATCGATAAACCTCTGCATCCAGCGGTTGCC AGGAAAGTCACTGGAGGCAGCGGTTCATCGATCTCTTCCTGTGGATTTTTTTGTTTGTTTCTTTGTTGTTGTTGGAAAGAGATTAAAAGCACGAACAGATCGATAAACCTCTGCATCCAGCGGTTGCCTCTTCATCAGTCGATCACTTTTGATGAATCCTTTTTCTAAGTTTCTGAGAAAGACGTTATTATGTCATGTGGGAGTATTTTTCTAGGAAACTCAAAAGAAAACAAATGATTTTTTTTTTGAGTTCATAGGAGCAGAGATCAATCGAACACTGTTTCTGGTAATAGTCTGTTTAGTTTTACCACTATTTTTGTTTGTTTGTTTACTAACCGAGTATACTTATATGTTTTTAGTTAATTGATATGCCTTTTGCTTTCACTTACTACTATCAAGTGGATCATGAGTTTGCTAAAATAACAAAATAGGGAACTTAGGATTCTTTTGGGAGAGAAGAATCTTGGTATTACTTATGATTCATCTTGTAGGTTCCTTTCTTGGTCTGACTCTGACCAAACAATATAGTTTTCTGTTTTAGTTTCATGTCTAAAAAGTGTGTTTGATCTCCATTGAATCTCCCATTCAGCTATTTTAGCGCATACAGTTGCATCTTCTAGCTTTGTTCCTTTTCGTACGTGACGGTAATTATTATGTATAATCCAATCTATTTGTCGCATAAAGTGATGAAATGGTAGCATAACACATGTGTATTTATTTCACCTTTACTACATCAAATACTGTGAGCCCTTGTTTATGGCATCTATATCTT 3 0 3' arm Raphanus_raphanistrum_subsp._maritimus mirnest MIR162_2 0.0000000001 cpa-MIR162a 0.000000000000007 -40.3 ((..((((.(((((.((((.((((.((((((((.(((.(((...((((...((((.(((((.(......)..))))).)))).))))))).))).)))))))).)))).)))).))))).)))).)) (-40.3)