mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAAAAAGTTAACGGTGTCAAA TAACGCTGTTAACTTTTTTTA TCATAATACGGGAATTGAATACTCCATCCGTTTCTAAATATTTAACGCTGTTAACTTTTTTTAAATATGTTTGACAGTTCATCTTATTAAAAAAATTTAAGTAATTATTAATTCTTTTCATATCATTTGATTCATTGAAAAAATACTTAAATGTATACATATAGTTTTACATATTTCACCAAAGTTTTTGAATAAGACGAATGTCAAACATGTGGCTAAAAAGTTAACGGTGTCAAATATTTAGAAACAGAGGGAGTATATAGCTCTCTTGCATAA CAGGATTCACTGACTACAAGATAAGCCCTNTGTTAGGTATTCGATCCATTATCGAAGTCTTTCCATAGGGCAATCTCATAATACGGGAATTGAATACTCCATCCGTTTCTAAATATTTAACGCTGTTAACTTTTTTTAAATATGTTTGACAGTTCATCTTATTAAAAAAATTTAAGTAATTATTAATTCTTTTCATATCATTTGATTCATTGAAAAAATACTTAAATGTATACATATAGTTTTACATATTTCACCAAAGTTTTTGAATAAGACGAATGTCAAACATGTGGCTAAAAAGTTAACGGTGTCAAATATTTAGAAACAGAGGGAGTATATAGCTCTCTTGCATAATTACTTTGTGTATTAATATTTGTCTCTAAAGTCATATTAGTGATGAAGATTTGTATTCC 2 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR806 3e-53 osa-MIR806h 9e-44 -84.3 .........((((.(((.(((((((.((.((((((((((((((.((((((((((((((((....((((((((((((.(((.(((((((..(((((((((((((.((.........(((((.(((....)))....))))))).)))))))(((((.((.....))..))))).(((....))))))))).))))))).)))))))))))))))....)))))))))))))))).)))))))))))))).)).))))))).))).))))........ (-84.3)