mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCCGCCTTGCATCAACTGAAT TCGCTTGGTGCAGTTCGGGAC GGGGGCTCAGATTCGCTTGGTGCAGTTCGGGACTGATTGGCTGACACAACCACATAGGTACTTTTGCCTTATTGGTTTGTAAGCATGGATTGGCTCCCGCCTTGCATCAACTGAATCGGAGCCTC GGGGGGCTCAGATTCGCTTGGTGCAGTTCGGGACTGATTGGCTGACACAACCACATAGGTACTTTTGCCTTATTGGTTTGTAAGCATGGATTGGCTCCCGCCTTGCATCAACTGAATCGGAGCCTCCGATGGTGAAACGAGTCCAATTAGATCTGGAGAACAGTTTGATTCAAGTTCTAGGGTTTGGATTCTTACAATCCTCATATGATTTGATTTCTAAAGGTAGATAACCAGGATAAAAGAAAAAACGGTTTGACAAATCCACTGTATGATAAGAAGAAGATAGAGATCTCGTTACATGAGCAATCTCTTGTCTTGATTTTCTCTAAGAAGGAGCATTGACTTGGGTTTGCAGAGATGATTAATGGTTCTGCTTTGTTTTTCTTTTGGTTTTGTTAATGGGATCATCGGAGATGGGTTGCAGAGAAACTGGGTCCTGACTTTGCAGGAAAGGAACTTGACTTAGTCACATAGGCCGTGGGCACTACAAGCATTAGGTGGATGGGAGAATGAGCTTGATTACTGCCAAGAGCTCCTTGAAGCTGACGTCTTTAACAACTTTGCATGGAATCAGTATTATGAAACGGAGGGAGTAATTGA 3 0 3' arm Raphanus_sativus mirnest MIR168 8e-18 ath-MIR168a 1e-16 -55.6 .(((((((.((((((.(((((((((..(((((((((((.(((.(((.(((((...((((......))))...)))))))).)))...)))))).)))))..))))))))).)))))).))))))) (-55.6)