mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGATTGAGCCGCGCCAATATC TATTGGCCTGGTTCACTCAGA TAGCACGAAAGAGTCCTCTTTGATATTGGCCTGGTTCACTCAGATATTCCAGATAACGCACGCACCACATTCTTTCTCTTAGTTATCTGATTGAGCCGCGCCAATATCTCAGTGCTCTCTCGTCTCTC GGACAGACATTCTCACCTCTACTCATCACACTTCACCTCACACGTCTATCTTCTTCCTTTCTTTGTTTTACAAGACAGTCTTCCTTTGAATCTGCACCTTTAGCACGAAAGAGTCCTCTTTGATATTGGCCTGGTTCACTCAGATATTCCAGATAACGCACGCACCACATTCTTTCTCTTAGTTATCTGATTGAGCCGCGCCAATATCTCAGTGCTCTCTCGTCTCTCTCTTTCTGTTTTAAGACTATGTTTCTTGTAGATCTACCTATATGTATTGACTCTTTTTTTTTTGCTTATGTGTGTTGAGAATGAAGTTACATTCTTTATTGATAGTCTTTTTGATGTAAAACTCTTTAATGTAACTACTGATCTTTTGCTTGTTATATCCAGATTATTAAATATCGAAACAGGCACAATGGTGCGACTCCATGGAAGCCTTACATATCCTTTCTTCCCACCCAAGGTACTCCTACCAAACCCTTCACCAGCTTCCTTCCCAAGTATTAATAAAATTCTTCTACTGTTTGTGACTTGCTTAGCATCATTATCATCTATGAATCCCTTTTAGAATGTATATTGTCTATTACTTTTCATTAAGAAAACTGACAAAATTTCAGCTAGGCTCATATATATTGTTTTATCAGTACAAATTGAAGAGTG 2 0 3' arm Raphanus_sativus mirnest MIR171_1 2e-34 bra-MIR171e 1e-41 -41.5 ....((((.(((((...((..(((((((((.(((((((.(((((((....(((.((.................)).)))....))))))).))))))).)))))))))..)).))))).))))..... (-41.5)