mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GATCATGTTTGCAGTTTCACC TGAAGCTGCCAGCATGATCTA CACAGGCATCTGATGAAGCTGCCAGCATGATCTAATTAACTTTCTTTCTCCGTTTGTTTTCATGACGATGGAAAGAGATGAGTGTAGATTAGATCATGTTTGCAGTTTCACCCGTTGACTAT GGAAAACCAATTACACTAGAAAAACCCTAGATACAGAAAATTTGATCTATATCTTTCTTTTTTTTTTAAAGTTTTTCTTGATCTGATTCGGTGAAGTGACGGTGCACAGGCATCTGATGAAGCTGCCAGCATGATCTAATTAACTTTCTTTCTCCGTTTGTTTTCATGACGATGGAAAGAGATGAGTGTAGATTAGATCATGTTTGCAGTTTCACCCGTTGACTATCGCACCCTTAAACCCTAATTTTCATCTTTGATTCCCATCTCAGATTTCACAGTAGCTAGGGTTGATTTCTATATTTTGGTGTTTGAATCCAAATGACCTGTGTTTCTCTTTTTACCTTATTTAATTGAGAGATCTCTCTTTTTGTGTGGTTATATTTCTGTTCATCTGAATTTTTCATTTTCTACATTTGTATTTGTTGTTCATATGGACTCCGAGATTCTGTAATATTTTTAGGGTTATAGAGTTGCACGACTACATAAAAGATCAAATTTATCCAAAAAAAAAAAAAAAAA 3 0 3' arm Raphanus_sativus mirnest MIR167_1 2e-27 bra-MIR167c 1e-37 -43.9 ..(((....))).(((((((((.((((((((((((((.(((((((((.(((..(((((.....))))).))).))))).))))...)))))))))))))).)))))))))............ (-43.9)