mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GCTCAAGAAAGCTGTGGGAAA TTCCACAGCTTTCTTGAACTT TTTTTCCACAGCTTTCTTGAACTTCCTTTTTCATTTCCCTTCTTTTAAAGATGTAATAACTAAAGATTGTTTTTAAACATTTAACACTCTAGAAACAAAAAAAAAAGCTCAAGAAAGCTGTGGGAAAACATGTCAGG TTTTTCCACAGCTTTCTTGAACTTCCTTTTTCATTTCCCTTCTTTTAAAGATGTAATAACTAAAGATTGTTTTTAAACATTTAACACTCTAGAAACAAAAAAAAAAGCTCAAGAAAGCTGTGGGAAAACATGTCAGGTTCTTTTAAAGGCACTAATTTTATCATAATTTGAAGGTAAGTGTTATTTATGTGAATCGTAACTTGGTACCTTTAGGTAGGATCTGTTTACTGGAAAGTAGATAAGAGATTATATATTTGTCTCCAATGAAGGGATACATATATATGGGTATCTGAATATTTTGTACTGAAAATTGCCAAATTCTATACAGCTTCTAATTTCCCGTAAATCCTTTTCTTATTTTTGAAATTGAATGTAAAATTTTATTCAATAAAAGCATTTTTACTACTATTGCAGCCAATTGTTATTTTTGTACATTTTCCGATTTTAAGTTTGAGTTTGAGTTTGGGTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 1 0 3' arm Raphanus_sativus mirnest MIR396 0.0000000001 bna-MIR396a 0.0000000000001 -34 ((((((((((((((((((((.(((..(((((..((((.......(((((....(((.(((........))).)))....))))).......))))..)))))..))).))))))))))))))))))))......... (-34)