mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCCAAAGGAGATTTGCCCGG GGAAGATCTCTATTGGCAGGAAACCATTACTTAGATCTTTGCATCTCTCTGTGCATTGATTTGTAGTGAGTTCTCTGCCAAAGGAGATTTGCCCGGTAATTC GGAAGATCTCTATTGGCAGGAAACCATTACTTAGATCTTTGCATCTCTCTGTGCATTGATTTGTAGTGAGTTCTCTGCCAAAGGAGATTTGCCCGGTAATTCTTCTGCACCAATATTTCAAAAAAAAAAGTTGGATGTGATTAATCGGAAGATTATTTTCACACAATTTACAATTAAGAAATTCCTTTTTCTTGTCTTCGTGCGCATTGGTTGATGTTCATGCATGAAGATGTGGGATTCATCGCTTCGTCTTTTTTGGATAAACTATTTCTCTCTTCGTATTTGAATCAATGTAGAAGGTAGCTTTACCCCGAATAAAAAGAGAATGAAGGGTGTTGCCCAAAAAAAAGAAAGAGAATGAAGGGTAAACAGCTAATGGCGCTTACATTTTATATGAAAAGATACGTTTTATGATTATTTTTTACGTTTTATGATTTTAAAAACTTAATTATCTTGAGATAAAATTTTATATGAGAACCGTATTATAATACATTTTTGATATCTTATAAATAATATTATTGAAATAAATTTTCTACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 5 0 3' arm Raphanus_sativus mirnest mir-399 7e-30 bna-MIR399 8e-42 -39.7 ((.((((((((.((((((((.(((((((((..(((((..(((((......)))))..))))))))))).))).)))))))).)))))))).))......... (-39.7)