mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCCACAGCTTTSTTGAGCTTT AGTTCAAGAAAGCTGTGGAAA AACCCTGAATTGTCATGTTTTCCCACAGCTTTSTTGAGCTTTTTTTTTSTAGAGTGTTAAATGTTAGAGATTTTTAGTTATTTAATTTCGCTSTAAAATAAGGGAAATGAAAAAGAAAGTTCAAGAAAGCTGTGGAAAAATATAACCAGGATCTTC AATCACATGGGAGGACATGTGCATACATATCAAATTGACCYCAAAAGCAGTAACCATCATACATTACTTATGAGGTGGAGTAGTTAGAATGACGTCAGATAAAACTTTTATCAACAGAAATGTACAAAGCTCATCTATACAGAACAGGAAACGSAGGAAGCTTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTTGTTGATAAAAGCAATTCAGATCAACTCCAAAAACAAAATTCAGAGAAGATTCGTTSTTCATTTTCATATACAGACATTTCAAAGAGTATAATATCATGATGGTTTAAAGGGAAACGTTCAAATTATGATAAAATTAGTGCCTTTAAAAGAACCGACACTTGAATCAATGAAGAAAACCCTGAATTGTCATGTTTTCCCACAGCTTTSTTGAGCTTTTTTTTTSTAGAGTGTTAAATGTTAGAGATTTTTAGTTATTTAATTTCGCTSTAAAATAAGGGAAATGAAAAAGAAAGTTCAAGAAAGCTGTGGAAAAATATAACCAGGATCTTCATGTTCTCCACCTCTAATTTSTACTCACGAACTCAACTTAAGAGAATCG 2 0 5' arm Brassica_napus mirnest MIR396 0.0000000000003 bna-MIR396a 4e-44 -42.8 ...((((....((.(((((((.((((((((((.((((((((((((((..(.(((((.((((.(((...))).))))..))))).(((((.((.((...)).)))))))).)))))))))))))).)))))))))).))))))).))))))...... (-42.8)