mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCTCTTCCTCTTCTTCTTCTT GGATAATCAAGTGGAGAGAAA TGCATAAAGGAAGGATAATCAAGTGGAGAGAAAAAGCTAAGCTACACTTACACATACTGTACATGAAGAAGGATTCAAAATTCCATAATTGAGAGACTAATCAGTGCACATTAGACTCTAATTACACAAATAAAACCGTATCCGAAACAATACACAGGCTTACATAAAAAACAAAGCAAAAAATGTAGGAGTATTGTTTTGTCATCTCCGTGGCACATTCAAAGGTTTTATTCTCTCTGGTCTCATCTCCTCTGTTCTTGGAAGGTTTTTATTTAGACAAGAAGGGGTCACCACCATACATTGAGTTAAAACTCGCTTTCAGTCTCGTGAACGTACAAACCAGAGGAAAGACAACAAGCAGCTACTCTTTTTATCCCTTATGCTGCTTAGGCTCCTGTTGCTATTGCTGCTACCGCTCCTCTTTGTGCTCTCGCTACCCCTCGACTCAGGCAATCTATTCCACCACTCTCTATCCTCTGTTTTCAAAGACTCATCAGAGATCGAAGGTCTCGGCGAAACCTGAGAATCTTTAACAGAATCCTTCTCCTTTCTCTTCCTCTTCTTCTTCTTCTTTTTCGC TTTTTTTTTTTTTTTTTTTAGGCAAAGATGGGAGTATTATTAGTTTTAGGCTTTTAATGCATAAAGGAAGGATAATCAAGTGGAGAGAAAAAGCTAAGCTACACTTACACATACTGTACATGAAGAAGGATTCAAAATTCCATAATTGAGAGACTAATCAGTGCACATTAGACTCTAATTACACAAATAAAACCGTATCCGAAACAATACACAGGCTTACATAAAAAACAAAGCAAAAAATGTAGGAGTATTGTTTTGTCATCTCCGTGGCACATTCAAAGGTTTTATTCTCTCTGGTCTCATCTCCTCTGTTCTTGGAAGGTTTTTATTTAGACAAGAAGGGGTCACCACCATACATTGAGTTAAAACTCGCTTTCAGTCTCGTGAACGTACAAACCAGAGGAAAGACAACAAGCAGCTACTCTTTTTATCCCTTATGCTGCTTAGGCTCCTGTTGCTATTGCTGCTACCGCTCCTCTTTGTGCTCTCGCTACCCCTCGACTCAGGCAATCTATTCCACCACTCTCTATCCTCTGTTTTCAAAGACTCATCAGAGATCGAAGGTCTCGGCGAAACCTGAGAATCTTTAACAGAATCCTTCTCCTTTCTCTTCCTCTTCTTCTTCTTCTTTTTCGCCGTATCTTTCTTAGATCCAAAGCTAAACGGAAACATCATTTTGAGAAGAAACCCACCGTTGTTTACACTCGGATCAGCCCGTTTACCGCTCTTCGTCTTCCTCACAACCTTACCTGTTCTCTGAGTCACTCATCGAAGATCTTCCTATCGTTATTCTCTTCGTTTCCCCTCGCTTCGACAGATCCCTCA 3 2 3' arm Raphanus_sativus_var._oleiformis mirnest 100 100 -107.5 .((..((((((((((.((..(((.(((((((((.(((...))).((..((((.....))))..)).((((((((((.(((.....(((((.((((.(((((........))))).)))))))))....(((((((((..((..((((((((((.....(((((((.................))))))).))))))))))(((((....)))))..)).....))))))))).((((.(((.((.((.(((.((.((((.((.(((((((....(((((.((.((((........(((.((.((((....))))((((..((((..((((..((((((...((((((.((.(((.(((((((...................))))))).(((.......))).)))))((....))))))))))))))..))))........)))).)))).)).))).........)))).))...)))))..)))))))..)).)))).)).)))....)).)).))).))))...)))....))))))))))..)))))))))..))).)).))))))))))..)) (-107.5)