mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GCGTATGAGGAGCCAAGCATA TGCCTGGCTCCCTGTATGCCA CATGATACATATATACATAGTACATATATGCCTGGCTCCCTGTATGCCATACACTAAGCTCATCGACCATCGAGGACTTACGTGGATGGCGTATGAGGAGCCAAGCATATTTTCATATGCATATACATCTTTCT GGAGGGCTTCAAGAACCCTAACCTCAATTTCTCTCGTCTCTTTCAGGCCTTCAAGAACCCTAACCTTAATTTCTCCTGATAGAGAGAGAGCAAAAGATCTTTTCAATTCCATTTCCGTACATGCAAATCACAGTCCATGTTTAAGCTTGTTTATAAACATCTAGCTGATATTGTTGCTTATATATGTTCATGCATGTTCAGTTGGATATAGCTTTACTTTAAAATAGAATTAGACATCGATCTTTTGTAGGCGAATAGTTTCAATACATACACGTTTATGCATCATGATACATATATACATAGTACATATATGCCTGGCTCCCTGTATGCCATACACTAAGCTCATCGACCATCGAGGACTTACGTGGATGGCGTATGAGGAGCCAAGCATATTTTCATATGCATATACATCTTTCTAATTATGTTTTTGCACCAGCTAATTAAATTGTGTTGAGCTTGTTTTATAGAAGTCGCTGTTAATTTCTCCATCCAATCATGTGCGGAAGATTACAAGGTAGCTGATGAAACCGTATAGAGACATATGATTTGTGGTCTTCAGTATATTCCACTGATAGATATTTTGGTGACCCTCTGATTACGATTTAGTCTTTCGATTCGTATTTTTCTGGTACAAATGTTTGTCTTGTTACTGCACTTCTTACGAGGATCCCTTCTGTAATCACATTAACGTAGTTTAGTTGGTTATGAAATTGTTAAATTATATCGATAGCTAATTATATTCCCGTACGTTCAGATCAAAAAAAAAAAAA 2 0 3' arm Raphanus_sativus_var._oleiformis mirnest mir-160 4e-17 bra-MIR160a 3e-29 -47.2 ...(((...(((((.((((......((((((.(((((((.((((((((((.(((((((.((.((((...)))).)))))).))).)))))))))).))))))).)))))).....)))).))))).)))..... (-47.2)