mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCCTGGCTCCCTGTATGCCA GCGTATGAGGAGCCAAGCATA TAGTACATATATGCCTGGCTCCCTGTATGCCATACACTAAGCTCATCGACCATCGAGGACTTACGTGGATGGCGTATGAGGAGCCAAGCATATTTTCATA GGAGGGCTTCAAGAACCCTAACCTCAATTTCTCTCGTCTCTTTCAGGCCTTCAAGAACCCTAACCTTAATTTCTCCTGATAGAGAGAGAGCAAAAGATCTTTTCAATTCCATTTCCGTACATGCAAATCACAGTCCATGTTTAAGCTTGTTTATAAACATCTAGCTGATATTGTTGCTTATATATGTTCATGCATGTTCAGTTGGATATAGCTTTACTTTAAAATAGAATTAGACATCGATCTTTTGTAGGCGAATAGTTTCAATACATACACGTTTATGCATCATGATACATATATACATAGTACATATATGCCTGGCTCCCTGTATGCCATACACTAAGCTCATCGACCATCGAGGACTTACGTGGATGGCGTATGAGGAGCCAAGCATATTTTCATATGCATATACATCTTTCTAATTATGTTTTTGCACCAGCTAATTAAATTGTGTTGAGCTTGTTTTATAGAAGTCGCTGTTAATTTCTCCATCCAATCATGTGCGGAAGATTACAAGGTAGCTGATGAAACCGTATAGAGACATATGATTTGTGGTCTTCAGTATATTCCACTGATAGATATTTTGGTGACCCTCTGATTACGATTTAGTCTTTCGATTCGTATTTTTCTGGTACAAATGTTTGTCTTGTTACTGCACTTCTTACGAGGATCCCTTCTGTAATCACATTAACGTAGTTTAGTTGGTTATGAAATTGTTAAATTATATCGATAGCTAATTATATTCCCGTACGTTCAGATCAAAAAAAAAAAAA 2 0 5' arm Raphanus_sativus_var._oleiformis mirnest mir-160 2e-17 bra-MIR160a 2e-27 -42.1 ........((((((.(((((((.((((((((((.(((((((.((.((((...)))).)))))).))).)))))))))).))))))).))))))....... (-42.1)