mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGAAGCTGCCAGCACGATCTA GATCATGTTTGCAGTTTCACC CAGGCATCTGATGAAGCTGCCAGCACGATCTAATTAACTTTCTTTCTCCGTTTGTTTTCATGACGATGGAAAGAGATGAGTGTAGATTAGATCATGTTTGCAGTTTCACCTGTTGACT GAAAACCAATTACACTAGAAAAACCCTAGATACAGAAAATTTGATCTATATCTTTCTCTTTTTTTTTTAGTTTTTCTTGATCTGATTCGGTGAAGTGACGGTGCACAGGCATCTGATGAAGCTGCCAGCACGATCTAATTAACTTTCTTTCTCCGTTTGTTTTCATGACGATGGAAAGAGATGAGTGTAGATTAGATCATGTTTGCAGTTTCACCTGTTGACTATCGCACCCTTAAACCCTAATTTTCATCTTTGATTCCCATCTCAGATTTCACAGTAGCTAGGGTTGATTTCTATATTTTGGTGTTTGAATTCAAATGACCTGTGTTTCTCTTTTTACCTTACTTAATTGAGAGATCTCTCTTTTTGTGTGGTTATATTTCTGTTCATCTGAATTTTTCATTTTCTTCAAAAAAAAAAAAAAAA 2 0 5' arm Raphanus_sativus_var._oleiformis mirnest MIR167_1 1e-22 bra-MIR167c 3e-32 -40 ((((.......(((((((((.((((.(((((((((.(((((((((.(((..(((((.....))))).))).))))).))))...))))))))).)))).)))))))))))))...... (-40)