mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAAGGGACGGAGGGAGTACGC ATACTCCTCTGTCCCTTAAC TACTAGTTGTGTTCGATTCTTTTGGGACAATAGCAAGCATACCTTTTTCTCGTCGTTGTTATATACTCCTCTGTCCCTTAACATGTGTCTGTAGAAAACCATGTTTCCCTCACAAACACGCTTCTCGGGCGACACTTAAAAGGGGCGACACTTAAAAGGGACGGAGGGAGTACGCAACCTGTTTGTACAAACAGGTACATATTTAGATGTTCTATATAGTGGCTGATATGCCGA TGACAATTTTGGATGAGCTTCTGCCTATCTCCATTGAGATGGCGAAACGGGACTGCAGAGGAATATGGAACTTCACCAACCCTGGTGTCGTTAGCCACAATGAGATTCTAGAGATGTACAAGAAATACATCAATCCTGATTTCAAGTGGACCAACTTCACACTCGAAGAGCAGGCCAAGGTCATAGTCGCACCTAGAAGCAACAACGAGATGGACGCGTCGAAATTGAAGGCTGAGTTCCCTCAGCTGCTGTCCATCAAGGACTCTTTGATCAAGTATGTCTTTGAGCCAAACAGGAAGGTTCCTGTTAATTGAGGATTTAGGTCACGGGGATGTGGAGGTTATTTGTATTGGTTGTTATTGGACACTAAATTAGCTAATGTTGCATGGTGGTCCGTACTAGTTGTGTTCGATTCTTTTGGGACAATAGCAAGCATACCTTTTTCTCGTCGTTGTTATATACTCCTCTGTCCCTTAACATGTGTCTGTAGAAAACCATGTTTCCCTCACAAACACGCTTCTCGGGCGACACTTAAAAGGGGCGACACTTAAAAGGGACGGAGGGAGTACGCAACCTGTTTGTACAAACAGGTACATATTTAGATGTTCTATATAGTGGCTGATATGCCGAGACACTGTTATCGATGAACACTACGAAT 4 1 3' arm Saccharum_hybrid_cultivar_CoS_767 mirnest 100 100 -58.7 .....(((((.(((((.....)))))...))))).((((.((.........))...))))...((((((((((((((((.....(((((.((...((((...))))((((........((((.....)))).........)))))))))))....)))))))))).))))))....((((((((....))))))))...(((.((((...)))).))).((((......)))). (-58.7)