mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTACTCCCTCCGTTCCAAATT TTTGGAATGGATGGAGTATAT TGAACACCCCCATACTATGTTCTACTCCCTCCGTTCCAAATTATTAGTCGTTCTGGCTTTTCTAGGTATATTGTTTTTTGCTATGTATCTAGAAAAGCCAAAAAGACTTATAATTTGGAATGGATGGAGTATATATATTACTGCTATGTTCA CCGAATCTTTTGAGCCTAGTTAGTCCATGGTTGGATAAATTCTGCCAAATAACAACGAAAGTTGCTACAGTAACTTTTCACCCACTTTTCATCAACTGAACACCCCCATACTATGTTCTACTCCCTCCGTTCCAAATTATTAGTCGTTCTGGCTTTTCTAGGTATATTGTTTTTTGCTATGTATCTAGAAAAGCCAAAAAGACTTATAATTTGGAATGGATGGAGTATATATATTACTGCTATGTTCAAACAACGAAAACAGTATGTCTGTTTCCATTTTTCCTTGCAAGGCTTTTACTTCCAAGCAAGTTTGGTGTAGACTAGAGGTGAAACCCAATAGCGTGACCAATCAGCACATTTCCACCAGTTGTCTGGTTTCCCTTAAATCATTGGTACACCTAAAAAATGCATAATAAATGCACCAATGTTCCAAAATTTCTAATATTAGATCAGTTACAAAGTTTCCACAGCAATACAAGGGTGACTCCTTGTTCCCAGCTTAATGCAAATGTTGTCTTACCTTGAACTT 2 0 5' arm Saccharum_hybrid_cultivar_CoS_767 mirnest MIR1122 6e-16 100 -64.3 ((((((......((.(((((..((((((.(((((((((((((((.((((.((.((((((((((((((((((.((.....)).)))))))))))))))))).)).)))).))))))))))))))).)))))).))))).))......)))))) (-64.3)